生物信息学概论第四章基于距离的系统发生分析.pptVIP

4.4.3 距离变换法 d’ij=（dij-diD-djD）/ 2+dD 公式中d’ij是物种i和j之间变换后的距离， dD是外部参考物种与全体内部物种之间的平均距离。 dD=ΣdiD / (n-1) 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 － － 四个物种两两进化距离（假设树可加） － A B C D 3 6 2 3 1 6 4.4.3 距离变换法 d’ij=（dij-diD-djD）/ 2+dD 公式中d’ij是物种i和j之间变换后的距离， dD是外部参考物种与全体内部物种之间的平均距离。 dD=ΣdiD / (n-1) 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 － － 物种 A B B 10/3 C 16/3 16/3 四个物种两两进化距离（假设树可加） 3个物种为内部物种，D为外部物种时的 距离矩阵 － 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 dD=(dAD+dBD+dCD) / 3 = (12+15+10) / 3 = 37/ 3 － 物种 A B B C d’AB=(dAB-dAD-dBD) / 2 + dD = (9-12-15)/2+37/3=10/3 － 10/3 d’BC=(dBC-dBD-dCD) / 2 + dD = (11-15-10)/2+37/3=