微小RNA-183靶基因生物信息学剖析.pdf

·288 ·2016 年 1 月 第 3 期 论 著 医药卫生ꢀ 微小 RNA- 183 靶基 因生物信息学剖析 1 2 3 2 2 2 1 1，通讯作 朱华卫 甘彬良 何融泉 吴雨壮 黄春琴 李 萍 甘廷庆 罗 婕 1.广西医科大学第一附属医院肿瘤内科，广西 南宁 530021 2.广西医科大学第一附属医院病理科，广西 南宁 530021 3.广西医科大学基因组与个体化医学研究中心，广西 南宁 530021 摘要：目的：系统提取及深度剖析 miR-183发挥生物功能的分子机制，为进一步研究 miR-183 生物学功能奠定基础。方法： 使用文献检索及在线软件收集已验证的 miR-183靶基因，并进行基因本体论 （GeneOntology，GO ）富集分析和 KEGGPathway 富集分析。结果：在 mirTarBase 和 TarBase 里分别提取到 198 个和 900 个已验证的 miR-183靶基因，取两 交集获得 189 个 靶基因。GO 分析发现 miR-183 与多个通路相关，KEGG 分析发现与 miR-183 关联最密切的是细胞内吞 （Endocytosis ）通路 （P0.05 ）。结论：miR-183 可能参与细胞生长的各个生物学过程，同时通过细胞内吞等信号通路参与疾病的发生、发展。 关键词：miR-183；靶基因；生物信息学 中图分类号：R735.2 文献标识码：A 文章编号：1671-5608 （2016 ）3-0288-03 miR-183 基因簇定位于 7 号染色体 （7q31-34）上，包括 以及蛋白结合、核酸结合等分子功能上 （P0.05，图 1、图 miR-183、miR-182、miR-96 种 miRNA，这些 miRNA 参与诸 2、图 3）。 如细胞增殖、浸润、转移等涉及恶性肿瘤的各个生理病理过 程。尽管 目前对 miR-183 的部分生物功能及病理机制作出了 一定的揭露，但 miR-183 的其他靶标及功能、机制仍不清楚。 故而，本研究旨在运用在线工具提取 miR-183 的已验证靶基 因 ， 并 通 过 生 物 信 息 学 的 方 法 进 行 基 因 本 体 论 （GeneOntology，GO）富集分析和 KEGGPathway 富集分析， 以期总结和预测 miR-183 的分子机制，为实验研究提供理论 指导。 1 材料与方法 1.1 文献检索及数据来源 采用文献检索 （pubmed，EMBASE，知网，万方，维普） 和 mirTarbase、TarBase 两个靶基 因预测数据库，提取 miR-183 已验证靶基因，并取交集。 1.2 分析方法 1.2.1 GO 富集分析 GO 富集分析数据来源于 DAVID 数据库，主要内容包括了 生 物 进 程 （BiologicalProcess ） 、 细 胞 组 分 （CellularComponent）、分子功能 （MolecularFunction）。 1.2.2 Pathway 富集分析 将基因映射到 KEGG 经典通路数据库中，获取该基因组 的生物信息通路富集情况。并计算每条通路的P 值，以判断 相应通路的富集是否具有统计学意义。 1.2.3 GO 的分层次网络图分析 使用 Cytoscape 的 Bingo 插件对 GO 生物进程注释信息 和分子功能描述的层次关系以网络图呈现。 2 结果 2.1 miR-183 靶向基因预测 在 mirTarBase （验证方法：qPCR、Westernblot、双荧 光素酶实验、Microarray、NGS、qSILAC 等）和 TarBase （验 证 方 法 ： Immunoprecipitation 、 双 荧 光 素 酶 实 验 、 Weste