蛋白折叠中的暂态结构与表面水分子慢尺度动力学.pdfVIP

物理化学学报(WuliHuaxueXuebao) ActaPhys．一Chim．Sin．，2010，26(7)：1998-2006 July [Article】 www．whxb．pku．edu．cn 蛋白折叠中的暂态结构与表面水分子慢尺度动力学 高 萌 ，s 姚新秋 1,3 佘振苏1,3 刘志荣 ，3 朱怀球 3 (北京大学工学院 北京 100871；。北京大学化学与分子工程学院，北京 100871； 。北京大学理论生物学中心，北京 100871) 摘要： 蛋白表面水的慢尺度动力学行为往往被认为与蛋白的结构稳定性、功能以及折叠过程有关，但在分子水 平上，还不清楚水分子的慢尺度动力学如何参与蛋白折叠过程．以Trp—cage蛋白作为个案，本文利用40条 100 ns(总长4 s)的全原子分子动力学轨迹，分析了蛋白折叠过程中蛋白表面水分子的停留行为，并探究影响蛋白表 面水分子慢尺度行为的微观因素．结果发现，即使在蛋白折叠过程中蛋白拓扑结构变化很大，残基之间也会形成 稳定的局部暂态结构．这些结构为水分子提供饱和、稳定的氢键，通过与水分子之间的极性相互作用，以及凹形 的几何结构，约束水分子长时停留，我们称之为 “停留中心”．停留中心的形成是引起水分子慢尺度行为的重要因 素．另外，停留中心的分布与蛋白折叠的进程有密切关系，特别地，在折叠轨迹中，疏水核周围的残基组成了一个 主要的停留中心．研究结果不但有助于解释水分子慢尺度特征行为的来源，还可以为实验中通过研究水分子在 蛋白附近的慢尺度行为，揭示蛋白折叠过程中的关键步骤提供一些启发． 关键词： 蛋白质折叠；Trp—cage；表面水；停留时间；停留中心 中图分类号： O641；Q51 Interm ediateStructureandSlow HydrationW aterDynamicsin ProteinFoldingProcess GAOMeng。 YAOXinQ·iu，。 SHEZhen—Su。 LIUZhi—Rong。’。’ ZHUHuai—Qiu，。， (CollegeofEngineering，PekingUniversity,Beijing 100871，P．R．China； CollegeofChemistryandMolecularEngineering， PekingUniversity，Beijing 100871，PR．China；。CenterforTheoreticalBiology,PekingUniversiyt，Beijing 100871，P．R．China) Abstract： Theslowdynamicsofhydrationwaterhaslongbeenrecognizedasamajordeterminantofprotein stabi1ity，function．andfolding．However。anatomiclevelmechanism isstilllackingontheoriginoftheslow dynamics ofhydration waterand how itisinvolved in proteinfolding．Using forty 100一asall—atom moleculardynami cs simulationsofhteTrp—cagemini—proteinasacasestudy，weanalyzedhtedynami csofhydrationwaterintheprotein foldingprocesstoexplorehteoriginofhte