蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展.pdfVIP

物理化学学~(WuliHuaxueXuebao) April ActaPhys．一Chim．Sin．2012，28(4)，75l一758 75l [Review] doi：10．3866／PKU．WHXB201202022 www．whxb．pku．edu．cn 蛋白质．蛋白质分子对接中打分函数研究进展 王存新 常 珊 · 龚新奇。 杨 峰’ 李春华 ’ 陈慰祖 (北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京100124； 华南农业大学信息学院，广州510642； 清华大学生命科学学院，北京100084) 摘要： 分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法．其中，用于近天然构象挑选的打分函数的合理设 计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要．本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要 打分项，包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的 计算方法．结合本研究小组的工作，介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构 筛选的几种策略．比较并总结了常用打分函数的特点．最后，分析并指出了当前蛋白质．蛋白质对接打分函数所 存在的主要问题，并对未来的工作进行了展望． 关键词：蛋白质一蛋白质分子对接：打分函数： 打分策略：结合位点信息 中图分类号： 0641 ProgressintheScoringFunctionsofProtein-ProteinDocking WANGCun-Xin’_l CHANGShanI GONGXin—Qi。 YANGFeng’ LIChun．Hua’ CHENWei—Zu’ rCollegeofLifeScienceandBioengtn’eering,BejiingUniversityofTechnology,Bejiing100124, R．China； Collegeoflnformatics，SouthChinaAgriculturalUniversity,Guangzhou510642， R．China； 。SchoolofLireSciences,TsinghuaUniversiyt,Beoing100084, R．China、 Abstract： Moleculardocking technology iS an effective approach for prediction of iritermolecular interactionsandrecognition．Thedesignofa scoring functionforselectingnear-native structures iSvery importantforsuccessfuIpredictionofcomplexstructures．Inthisarticle．themaincomputationaImethods forscoring items in protein-protein docking，such asgeometric complementarity,contactarea，vander Waals interaction，electrostaticinteraction，andstatisticaIpairpropensitypotentiaJ。arereviewed．Including ourwork．weintroducecommonlyusedscoringschemesandsomestrategiesinscreeningdecoysbased onthe information forproteinbinding sites．The