茶TIDH核苷酸多样性及与咖啡碱含量的关联分析.pdfVIP

园 艺 学 报 2013 ，40 （5 ）：981 –988 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 茶树TIDH核苷酸多样性及与咖啡碱含量的关联 分析 周晨阳，金基强，马春雷，姚明哲，陈 亮* （中国农业科学院茶叶研究所，国家茶树改良中心，杭州310008 ） 摘 要：咖啡碱是嘌呤碱中最重要的一种，对茶叶的滋味等品质起重要的作用，对于咖啡碱代谢途 径的研究有重要意义。根据 NCBI 登录的 TIDH 基因（编码咖啡碱合成途径的一个关键酶——次黄嘌呤核 苷酸脱氢酶）cDNA 设计引物，克隆获得了一条基因组 DNA 的中间片段，长4 172 bp （TIDH3）。从中国 茶树资源核心种质中选取咖啡碱含量有代表性的95 份资源进行了两个年度、春秋两季的咖啡碱含量HPLC 测定，大部分材料的咖啡碱含量在 2.50% ~ 4.50% ，4 次重复的平均值为 3.50%，变异系数在 15.52% ~ 19.25%，表明茶叶咖啡碱含量在不同年份与季节都是相对稳定的。经 PCR 扩增、测序和序列多态性分析， TIDH3 中的一个759 bp 片段的总核苷酸多样性指数 π 和 θ 分别为 0.006 和 0.012，同义突变多样性π = T W syn 0.009 大于非同义突变多样性πnonsyn = 0.006 。Ka/Ks = 0. 600 1 ，认为 TIDH3 基因受到负向选择作用。TIDH3 基因连锁不平衡分析表明，基因内的连锁不平衡衰减速度较快，在约 300 bp 范围内 r2 值降低到了 0.2 。通 过关联分析，获得两个与咖啡碱含量显著相关的 SNP 位点，遗传贡献率分别为 10.43%和 5.68% 。 关键词：茶树；咖啡碱；次黄嘌呤核苷酸脱氢酶；TIDH；基因克隆；关联分析 中图分类号：S 571.1 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2013 ）05-0981-08 Nucleotide Acid Diversity of Inosine-5’-monophosphate Dehydrogenase Gene and Association Analysis of the Gene with Caffeine Content in Tea Plant * ZHOU Chen-yang ，JIN Ji-qiang ，MA Chun-lei ，YAO Ming-zhe ，and CHEN Liang （Tea Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences，National Center for Tea Improvement ， Hangzhou 310008，China ） Abstract ：Caffeine is one of the most important purine alkaloids，as it plays an important role in flavor of tea. It’s of great importance to study the caffeine biosynthesis pathway of tea plant. The primers were designed based on TIDH （which