下司犬线粒体DNA及主要组织相容性复合物的遗传多样性研究.pdfVIP

2.7 DNA序列分析21 3 结果21 3.1 家犬mtDNA遗传多样性分析21 3.1.1 下司犬线粒体D-loop序列结构21 3.1.2 高变区Ⅰ遗传变异及多样性分析22 3.1.3 系统树构建26 3.2 家犬DLA-DRB1外显子2遗传多样性分析28 3.2.1 基因组的提取与扩增28 3.2.2 SSCP分型28 3.2.3 测序结果30 3.2.3 碱基组成43 3.2.4 多态位点变异及多样性分析43 3.2.5 DLA-DRB1基因外显子2密码子使用率的偏倚性50 3.2.6 同义替换和非同义替换50 4 讨论51 4.1 下司犬线粒体D-loop序列的结构特征51 4.2 下司犬分化地位及管理单元的确定52 4.3 下司犬的线粒体DNA遗传多样性53 4.4 SSCP技术重复性及DRB1外显子2分型结果54 4.5 DRB1外显子2碱基组成和密码子的使用频率54 4.6 下司犬DLA-DRB1多样性55 5 主要结论和创新点55 参考文献57 缩略语表68 致 谢69 贵州大学硕士论文 第 1 页 摘 要 PCR PolymeraseChainReaction 采用 （ ，聚合酶链式反应）扩增和测序方法 获得下司犬线粒体DNA 的D-loop 序列，发现其D-loop 5’端高变区Ⅰ582bp A+T G+C G 碱基序列的 含量明显高于 含量，表现出强烈的反 偏倚。并于下司 11 7 犬高变区Ⅰ序列共检测到 个多态位点，构成 种单倍型，单倍型多样性为 0.867，说明下司犬线粒体D-loop的单倍型类型丰富，但其高变区Ⅰ的核苷酸多 样性（Pi=0.00519）和平均核苷酸差异（k=3.002）却提示，下司犬的遗传多样 3 性较低。聚类分析结果显示，中国家犬有 个母系来源，下司犬与藏獒的亲缘 关系最近，建议将藏獒用于下司犬的选育和复壮。 Major histocompatibility complex MHC 家犬的主要组织相容性复合体（ ， ） Dog leukocyte antigen DLA PCR-SSCP 又称为犬白细胞抗原（ ， ）。本研究利用 （Singlestranded conformationpolymorphism，单链构象多态性）技术检测了下司 4 46 DRB1 犬等 个品种， 只家犬个体的主要组织相容性复合体 基因第二外显子 DLA-DRB1exon2 DNA SSCP （ ）的序列变异。目的 经 分型后克隆测序，获得 270bp