蛋白质三维结构预测 - 课程中心.ppt

基因表达调控分析 四个水平上的基因表达调控：转录水平、转录后水平、翻译水平、翻译后水平。 山东大学数学学院李国君教授： BOBRO – A BOTTLENECK BROCKEN TOOL FOR MOTIF FINDING Nucleic Acids Research (IF 7.5) /~maqin/motif_finding/index.html RNA二级结构预测 长链非编码RNA或tRNA可通过自身碱基互补形成二级结构，如三叶草结构，来行使调解蛋白质功能的功能。 蛋白质三维结构 蛋白质四个水平上的结构： 蛋白质三维结构 all beta alpha+beta all alpha 蛋白质二级结构预测 已知一个蛋白质的氨基酸序列，预测其二级结构。 常用软件：PSIPRED, APSSP2, NNPREDICT, PREDICTPROTEIN 蛋白质三维结构预测 已知一个蛋白质的氨基酸序列，预测其三维结构。 三类方法：1. 同源建模法；2. 穿线法；3. 从头预测法。 前两类方法合称为基于模板法。 MEAKIVKVLDSSRCEDGFGKKRKRAASYAAYVTGVSCAKLQNVPPPNGQCQIPDKRRRLEGENKLSAYENRSGKALVRYYTYFKKTGIAKRVMMYENGEWNDLPEHVICAIQNELEEKSAAIEFKLCGHSFILDFLHMQRLDMETGAKTPLAWIDNAGKCFFPEIYESDERTNYCHHKCVEDPKQNAPHDIKLRLEIDVNGGETPRLNLEECSDESGDNMMDDVPLAQRSSNEHYDEATEDSCSRKLEAAVSKWDETDAIVVSGAKLTGSEVLDKDAVKKMFAVGTASLGHVPVLDVGRFSSEIAEARLALFQKQVEITKKHRGDANVRYAWLPAKREVLSAVMMQGLGVGGAFIRKSIYGVGIHLTAADCPYFSARYCDVDENGVRYMVLCRVIMGNMELLRGDKAQFFSGGEEYDNGVDDIESPKNYIVWNINMNTHIFPEFVVRFKLSNLPNAEGNLIAKRDNSGVTLEGPKDLPPQLESNQGARGSGSANSVGSSTTRPKSPWMPFPTLFAAISHKVAENDMLLINADYQQLRDKKMTRAEFVRKLRVIVGDDLLRSTITTLQNQPKSKEIPGSIRDHEEGAGGL 蛋白质三维结构预测 同源建模法：相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构。 蛋白质三维结构预测 穿线法：不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 蛋白质三维结构预测 穿线法：不相似的氨基酸序列也可能对应着相似的蛋白质结构。 已知结构的蛋白质约10万，不同的结构拓扑 1313。 蛋白质三维结构预测 从头预测法：1973年 Anfinsen 《科学》：蛋白质的三维结构决定于自身的基酸序列，并且处于最低自由能状态。 由于运算量和准确度的问题，只适合几十个氨基酸长的蛋白质。 蛋白质对接 对接要考虑的三个因素： 1. 几何形状互补；2. 分子表面电荷互补；3. 疏水作用。 蛋白质－蛋白质对接 蛋白质对接 对接要考虑的三个因素： 1. 几何形状互补；2. 分子表面电荷互补；3. 疏水作用。 小分子化合物－蛋白质对接 分子动力学模拟 1 ns 100 cpu 5 h Virtual screening Library of chemical compounds 虚拟分子筛选 计算机辅助药物设计 分子进化 DNA在进化过程中积累突变，导致了不同株系后代DNA，RNA和蛋白质序列的分歧。这个原则可以被用来构建系统发生树。由于内部突变率和选择性限制的差异，不同的大分子序列进化速率不同，使得对密切相关和远距离相关的生物体都可以进行系统发生分析。 代谢网络 代谢网络是决定细胞生理、生化特性的一整套代谢过程和物理过程。通过对代谢网络的研究（构建网络、拓扑分析、代谢流分析）能更好地了解生物体代谢过程, 并利用这一过程促进药物设计、发酵工程和微生物工程等产业的发展。 图表理论 * * 生物信息学 什么是生物信息学 魏天迪 2017.2.21 考试情况 2011级上机考试 83 84.5 88 89 89 90 90 93 95 95 99 99 100 100 100 100 考试情况 2012级上机考试 77 80 83 84 84 88 90 92 94 95 97 97 100 100 考试情况 2013级上机考试 66 72 72 80 89 9