腾冲嗜热厌氧菌的超氧化物歧化酶的进化踪迹分析.pdfVIP

2O07年12月 湖南师范大学自然科学学报 Vo1．30 No．4 第30卷第4期 Joumal of Natural Science of Hunan Normal University Dec．，2O07 腾冲嗜热厌氧菌的超氧化物歧化酶的进化踪迹分析 刘元东 ，刘楚干 ，丁建南 ，邱冠周 (1．中南大学资源加工与生物工程学院，中国长沙 410083；2．湖南省新宁县岚山镇中心小学，中国邵阳 422702) 摘 要 通过同源模建和分子动力学模拟，—个由腾冲嗜热厌氧菌的sod基因编码的蛋白质的可靠的分子结构被建 立．对建立的结构进行进化踪迹分析识别出了l1个踪迹残基．在它们当中，残基Asn36，Glyl01和Glu158的位置遍布整个 结构，无规可循；其余的残基都明显地聚于一个靠近铁原子的子类当中．这些结果表明，该基因编码含铁的超氧化物歧化 酶；同时，那些铁原子附近的踪迹残基跟铁的绑定和催化功能直接相关． 关键词 超氧化物歧化酶；腾冲嗜热厌氧菌；同源建模；进化踪迹分析；分子动力学 中图分类号 Q812 文献标识码 A 文章编号 lOOO．2537(~Y／)04-O110-04 Evolutionary Trace Analysis of Superoxide Dismutase frOm Thermoanaerobacter tengcongensis LIU Yuan-dong ，LIU Chu—gan ，DING Jian—nan ，Qm G／tan．zhou ’ (1．School of Reso~ Processing and Bioengineering，Central South University，Changsha 410083，China 2．Central Primary School of Langshan Town，Xinning County，Hunan Province，Shaoyang 422702，China) Abstract With homology modeling techniques and molecular dynamics sim~afions．a reliable molecular structure of the protein encoded by the gene sod from Thermoanaerobacter tengcongensis was buih．Evolutionary trace analysis on this modeled structure reveal 11 trace residues．Among them，the residues of Asn36，GlylOland Glu158 ale randomly scattered throughout the mapped structure；the other residues are all distinefly clustered in a subgroup near Fe atom． From these results，this gene encodes a Fe·depending superoxide dismutase．Furthermore，the trace residues around Fe atom are direcdy responsible for Fe binding and catalytic function． Key words superoxide dismutase；Thermoanaerobacter tengcongensis；homo logy modeling；evolutionary trace；mo- leeular dynamics 氧化物歧化酶(superoxide dismutase，SOD)催化超氧阴离子自由基发生歧化反应，转变为氧气或过氧化氢，从 而避免其对生物有机体造成氧化性损伤…．它是一种金属酶类，按所含的金属原子辅基不同可