蛋白质组学课件样品制备-中文.ppt

蛋白质组学 为什么进行蛋白质组学研究? mRNA 表达 ? 蛋白表达 (mRN 和蛋白水平 的相关性一般低于50%) 基因顺序无法预测蛋白质的翻译后修饰 一个生物系统的动力学状态通过蛋白质组的变化能更好的反映 蛋白质组学 基本生物问题 翻译后修饰 蛋白质-蛋白质相互作用 基因组-转录组-蛋白质组 蛋白质组学 确定蛋白质组 鉴定 定量 定位 修饰 相互作用 功能 为什么蛋白质组学研究能够得到开展? 新的数据分析技术使蛋白质组学研究切实可行 三个关键技术 分离技术(2维凝胶电泳技术和2维叶向色谱分离技术) 生物质谱鉴定技术 (基质辅助激光解析电离技术和电喷雾电离技术) 数据处理和图像分析技术(依靠计算机的数据库和数据处理技术以及凝胶电泳图像分析技术) 蛋白质组研究 蛋白质组研究中的问题 蛋白质组学-样品制备 Sample preparation Extraction of protein from tissues and cells is perhaps the most critical step in any proteomics stratage，because this step influences protein yield, biological activity, and the structural integrity of the specific target protein. Proteomics Analysis Sample preparation ↓ Protein separation ↓ Processing Image Analysis ↓ Protein Identification ↓ PTM Identification ↓ Protein quantification 本节主要内容(main topics) (一) 样品的制备原则 (二) 细胞和组织的破碎和蛋白提取方法 (三) 双向电泳常规样品制备及其改进 (四) 亚细胞水平(细胞膜)蛋白组的样品制备 (一)样品制备的原则（principles） 蛋白质样品制备是蛋白质组研究的第一步，无论后续采用怎样的分离或鉴定手段，样品制备都是关键步骤。 什么是样品的全息制备？ 就是要求样品制备尽可能获得所有的蛋白质，但由于蛋白质种类多、丰度不一和物理化学特性不同等，要达到真正的全息制备是有难度的； The principal aim must to be reproducibly achieve the highest degree of cell breakage using minimal disruptive forces while maintaining protein integrity. 基本原则： （1）全息性（keep all of protein information）； （2）样品制备的方法还必须与后续的分离或鉴定方法相匹配，如采用双向电泳，需要谨慎使用SDS抽提蛋白质；如果用液相色谱分离，不应该用太多的去污剂和两性电解质(considering following protocols/kits ) ； （3）由于样品来源千差万别，针对不同来源的样品（如细胞样品、动物组织样品、植物样品、体液等），需要采取不同的蛋白质抽提方法 (Different samples, different extraction) 。 样品制备的影响因素 影响因素有： pH、温度、机械剪切力、压力和蛋白的水解。 尽管有些蛋白的水解不是目标蛋白的水解，但是会影响目标蛋白与其他细胞调节因子的联系。 这些影响因素导致的结果就是对目标蛋白的研究没有重复性。 结果导致在生物学研究的解释上不统一甚至完全相反。 (二) 细胞和组织的破碎和蛋白提取方法cell disruption and protein isolation 细胞（微生物细胞）Cells 动物组织 Animal tissues 植物组织 Plant tissues 体液 Body fluid 亲水性蛋白；疏水性蛋白； 胞质蛋白Cytoplast protein;膜蛋白Membrane protein;核蛋白Nucleus protein; 低丰度蛋白Low abundance protein; 目标蛋白Target protein 　Solvable sample (可溶性样品)