采用多目标微分进化算法的基因表达数据双向聚类.pdfVIP

小型微型计算机系统 2010年lO月第10期 Journalof No．102010 Chinese VoL31 ComputerSystems 采用多目标微分进化算法的基因表达数据双向聚类 郭 红，蔡 莉 (福州大学数学与计算机科学学院，福建福州350l∞) E-mail：guohong@fzu．cdll．cn 摘要：生物基因表达数据的双向聚类已成为近年来生物信息学的研究热点．生物基因表达数据双聚类问题通常需要同时最 优化双聚类中基因表达行为的波动一致性以及双聚类的容量．基于单目标优化的双聚类算法难以很好地同时优化这两个目标． 针对这个问题，本文采用了多目标微分进化算法来求解基因表达数据的双向聚类问题．算法在真实的基因表达数据集上测试， 实验结果表明，本文所提算法具有更优的聚类效果． 关键词：双聚类；基因表达数据；多目标优化；微分进化算法 中图分类号：TP31l 文献标识码：A 文章编号：1000．1220(2010)10．1997-05 ofGene Data a DifferentialEvolution BiclusteringExpressionUsingMulti-objective Algorithm GUO Li Hong．CAI and (CollegeofMathematicsComputerScience。FuzhouUniversity．Fuzhou350108。Ch／na) data recent ofthe hasbecomearesearchfocusinbioinformaticsin fluctuat Abstract：Biclustednggeneexpression years．Usually-the of activitiesandthevolumnofbiclustersaretobe atthesametimewhenwesolvethebicluster- consistencygeneexpression optimized of isdifficultfora to ingproblemgeneexpressiondata．However-it sing|e-objectiveevolutionarybiclusteringalgorifluno州mize thesetwo atthesametime．Toaddressthis a differentialevolution tOsolve objects issue．thispaper employsmulti—objective algorithm the inthis Wastestedinreal resultsshow proposed datasets．Experimental biclusteringproblem．髓calgorithm paper geneexpression that hasbetter the effect． proposedalgorit