动态规划算法对 genocad 设计结果的优化 - 生物信息学.pdfVIP

第 １４卷 第３期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１４ Ｎｏ．３ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０１６年０９月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｅｐ． ２０１６ － ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１６．０３．０８ 动态规划算法对 ＧｅｎｏＣＡＤ设计结果的优化 方　 刚１，２ （１．西安文理学院生物与环境工程学院，西安 ７１００６５； ２．西安财经学院信息学院，西安 ７１０１００） 摘　 要：ＧｅｎｏＣＡＤ（ｗｗｗ．ｇｅｎｏｃａｄ．ｃｏｍ）是一种基于Ｗｅｂ 的免费合成生物学设计软件，用它可以进行表达载体及人工基因网络 设计。 持续点击代表各种合成生物学标准“零件”的图标，以一种语法进行设计，最后就可以得到由数十个功能片段组成的复 杂质粒载体。 但是在ＧｅｎｏＣＡＤ 中，每一类的合成生物学标准“零件”数量众多。 随着这些标准“零件”的不断开发，其数量也 在进一步增加，目前选择合适的“零件”组装成功能性的质粒载体费时费力并且容易发生错误。 在进行载体设计的最后阶段， 从众多的“零件”中选择合适的往往比较困难。 为解决这一问题，本文采用了自然语言处理的统计语言模型，它最初用于自然 语言识别，用来估算一组词串成为一个正确语句的概率的大小。 本文最后以该模型为基础应用动态规划算法优化质粒载体 设计，从众多的选项中找出最优者。 利用这一方法可以减少进行生物学实验的冗余操作，从而减少载体构建过程中的花费。 关键词：合成生物学；统计语言模型；动态规划算法；生物学“零件”；ＧｅｎｏＣＡＤ － － － 中图分类号：Ｑ２９１　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１６）０３ １７３ ０８ Ｄｙｎａｍｉｃ ｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ｔｏ ＧｅｎｏＣＡＤ ｄｅｓｉｇｎ ＦＡＮＧ Ｇａｎｇ１，２ （１．Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｘｉ’ａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｘｉ’ａｎ ７１００６５ ，Ｃｈｉｎａ； ２．Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，Ｘｉ’ａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｆｉｎａｎｃｅ ａｎｄ Ｅｃｏｎｏｍｉｃｓ，Ｘｉ’ａｎ ７１０１００，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＧｅｎｏＣＡＤ （ｗｗｗ．ｇｅｎｏｃａｄ．ｃｏｍ） ｉｓ ａ ｆｒｅｅ ｗｅｂ⁃ｂａｓｅｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｈａｔ ｇｕｉｄｅｓ ｔｈｅ ｕｓｅｒ ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｖｅｃｔｏｒ，ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ ｇｅｎｅ ｎｅｔｗｏｒｋｓ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓ ｃｏｍｐｏｓｅｄ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐａｒｔｓ． Ｂｙ ｓｕｃｃｅｓｓｉｖｅｌｙ ｃｌｉｃｋ ｉｃｏｎｓｒｅｐｒｅｓｅｎｔｉｎｇ ａｃｔｕａｌ ｇｅｎｅｔｉｃｐａｒｔｓａｃｃｏｒｄｉｎｇｔｏｇｒａｍｍａｔｉｃａｌ ｍｏｄｅｌｓ，ｃｏｍｐｌｅｘ ｇｅｎｅｔｉｃｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓｃｏｍｐｏｓｅｄ ｏｆ ｄｏｚｅｎｓ ｏｆ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｂｌｏｃｋｓ ｃａｎ ｂｅ ｄｅｓｉｇｎｅｄ． Ｂｕｔ ａｔ ｔｈｅ ｌａｓｔ ｓｔｅｐ ｏｆ ｄｅｓｉｇｎ，ｕｓｕａｌｌｙ ｅｖｅｒｙ ｉｃｏｎ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｉｎｇ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐａｒｔｓ ｈａｓ ｉｔｓ ｏｐｔｉｏｎ． Ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐａｒｔｓ ｄａｔａｂａｓｅ，ｍｏｒ