骨质疏松症遗传相关基因的生物信息学研究.pdf

生笪量厦堕鳖盘查!!!!笙!旦箜!!鲞箜!塑曼!垫!Q!!!唑竺!!垒趔!!!!!：!些!!：塑!：! 279 Publish．．．e．．．d．．．．． ·论著· 骨质疏松症遗传相关基因的生物信息学研究 张治国 牛旭艳 刘梅洁 李艳 吕爱平 鞠大宏 中图分类号：R681文献标识码：A 文章编号：1006·7108(2011)04-0279-012 摘要：目的建立基于骨质疏松症遗传相关基因的蛋白质相互作用网络，发现其中其中包含的分子 复合物和未经研究或研究较少的与骨质疏松症相关的蛋白质。方法基于OMIM数据库中与骨质疏 Literature Search，进行 松症发生相关的177个遗传基因，应用Cytoscape软件及其插件Agilent PUBMED文献的文本数据挖掘，建立骨质疏松症的蛋白质相互作用网络；应用MCOMD算法，探测网 络中的分子复合物，并对分子复合物包含的蛋白质进行GO分析，分析包括分子功能、生物学通路、细 胞组分。结果骨质疏松症的蛋白质相互作用网络包含863个节点(蛋白质)、2925条边(相互作用 关系)、4个高度关联的分子复合物。这些分子复合物内的18个蛋白质与骨质疏松症的关系未经研 究或研究较少。结论基于OMIM数据库，可建立骨质疏松症的蛋白质相互作用网络，发现未经研究 或研究较少的骨质疏松症关联蛋白质。 关键词：骨质疏松症；在线人类孟德尔遗传数据库；蛋白质相互作用网络；分子复合物；基因本体 论 Bioinformatic a1． studyosteoporosis-relatedgeneticgenesZHANG历培∞，NIUXuyan，LIUMeijie，et on Medical Institute Chinese ofBasicTheoryTCM，ChinaAcademyof Sciences(CACMS)，Be撕ng100700， China author：JU CorrespondingDahong，Email：judahong@sohu．tom To a interactionnetworkbasedon Abstract：Ohjecfivedevelopprotein·-protein osteoporosis-·relatedgenetic andtofindmolecular and orleast concernedwith genes complexesunreportedreportedproteins osteoporosis． MethodsBasedon177 searchedfromOMIMdatabaseandtextdata from geneticgenes miningPUBMED， a interactionnetworkof wasestablished and Literature Agilent protein—protein osteoporosis usingCytosacpc Searchsoftware．MolecularinnetworkweredetectedMCOMD complexes using algorithm．Thecombining