噬菌体的演化生态学 - 微生物学系.doc

科普作業 題目：噬菌體的演化生態學 參考資料？ 看似嚴肅地整理本報告，但是英文的瞭解錯誤，使得詞不達意 目錄 噬菌體與生態學的關係 3 動態病毒粒子(Virion)產物的單一模型 3 噬菌體的族群和演化動力學之多標度模型 4 模型能用來觀察噬菌體與宿主的共演化 4 模型能觀察噬菌體對生長中宿主的影響 5 參考資料： 5 摘要（本節是前言不是摘要） 噬菌體在長時間的研究中發現它在分子生物學、生態學、環境及演化上佔有相當重要的地位。 近年來數學概念的應用成功地組織和簡化大量實驗數據。 （原翻譯文：近幾年來，藉由數學上的應用概念對於微生物學上得到很高很好的數據，） 當然應用量化的方法探討是不能用來取代發現生物學深層意義的嚴肅思考和一些理論工具。 （原翻譯文：當然定性定量上的分析亦是不可或缺的，這些工具的應用對於生物學的發展與研究可以讓研究者擁有更長遠的眼光。） 以一個龐大的數據分析上來看，以及基因的層面上整合及校準為一個有似真實的系統發生樹狀圖(見圖一)。然而，此樹狀圖也可能建立於循序的演化和流行病動力學，但無論如何此都帶給我們更進一步的了解。要如何區別新舊的理論在於是否有先例的產生。 理論上分析著重於連鎖關係的第一部份，像是尺寸還原和圖像、損害影響微生物學上的基因原則。因任何一個數據可以創新的途徑去代表、親近和接觸一個基因庫、片段、基因表現、酵素活性和胞外的反應。而連鎖關係的最後一部份通常為尋求關於一些會改變細菌與噬菌體的功能的混亂。 環境的噬菌體影響球狀營養循環、細菌的多樣性和疾病的傳染源。宿主與噬菌體之間的關係對連接系統生物學和環境生態學提供一個解釋。 噬菌體與生態學的關係 噬菌體是感染细菌、真菌、放線菌或螺旋體等微生物的病毒的總稱，因部分能引起宿主的裂解，故稱為噬菌體。它們的基因會鑲嵌入宿主的基因的，修飾宿主的基因庫，並利用宿主的新陳代謝合成所需的蛋白質。 從生態學來看，需要考慮它們的行為和與宿主間的動態關係，尤其是它的生活史，不只有環境生態學，在系統生物學和微生物學都有很重要的影響。重要的例子包含與宿主結合的專一性與多樣性間的關係，調控基因滑動的機制，平行基因轉移的速率與範圍(見圖二)。 噬菌體分為兩種─λ和T，它們擁有不同的大小，潛溶性或毒發性的還有它們的病毒粒子的大小。當λ噬菌體感染細菌時，與宿主的起動子競爭來決定基因是引發毒發性還是潛溶性，對λ噬菌體而言，進入潛溶性的可能性取決於細胞的狀態和感染的多樣性。而DNA的損害會降低抑制子去保留產噬作用，其中包含噬菌體的逃脫。 動態病毒粒子(Virion)產物的單一模型 病毒粒子產生至少需要四個步驟，分別為病毒基因的複製，病毒結構蛋白質的產生和從細胞釋放病毒粒子。 一些噬菌體可能產生很多的後代但只有感染少數的宿主，反之有些噬菌體產生少量的後代但感染較多的細菌，此種噬菌體與宿主間的動態關係可以用數學表示，這對於理論家與觀察家是很有助益的一件事。第一個數學上的實驗在1970末年，噬菌體與宿主間的關係用宿主比率(Between-host scale)表示。噬菌體感染細菌並使得細菌的基因有水平方向的轉換(見圖二)。 有機化學機制模式描述宿主和噬菌體在一個化學恆定的環境並有著吸附作用和溶菌作用的一段時間。Levin-stewart-chao的主反應模式為在此資源下的宿主生長和噬菌體引起的伴隨著後來釋放出新的病毒粒子的宿主死亡率。此趨勢是假設以上為線性關係或呈米氏動力學(Michaelis-Menten kinetic)。 如果溶菌的比率夠高，表示宿主和噬菌體共存於一個穩定的狀態。在實驗中，宿主─噬菌體動力學概括生態學的假說，在新的模式中，包含形成溶菌狀態的宿主，其提到宿主間互相利用的生物物理觀點的模型。 噬菌體可成為目標，因為它可以被消滅當細胞狀態好時。它也可以使得同種的宿主免疫去溶菌作用─一個特徵為宿主和噬菌體可能為優勢。 噬菌體的族群和演化動力學之多標度模型 最近研究者轉移注意力在複合的環境中，如土壤海洋等微生物的演化動力學。而根據經驗法則，當噬菌體密度大於宿主密度10倍時，則宿主有10~50%的致死率，但是否為生理限制或環境因素仍然是個問題，所以為了尋找其相關性，複合生物的多標度模型是需要的。 不過塑造環境噬菌體的模型是特別困難的，因為噬菌體的演變與宿主有相當密切的關係，所以很難預料不同噬菌體在選擇壓力下的反應。 有一重要的方法讓噬菌體使宿主將兩者的交互作用優質化，在一個細胞內噬菌體可能代理重要而不可取代的機制來控制細胞，結果表示這類型的模型，是在有許多噬菌體存在的競爭環境裡。 其他問題則是在噬菌體的基因型多樣化模型，長期實驗研究顯示，基因型有許多張立，尤其是易變的環境下染色體會重組。不過至今仍無法找尋基因型