生物信息学（郝大鹏）基因功能.pptVIP

One way of defining an ontology is as ‘an explicit specification of some topic’. For us, this means that we take all the biological processes, molecular functions and cellular components and we record their names and definitions, and how they relate to one another. For each concepts we record a name, a definition, and the relationships between that concept and the others already in GO. 如果你了解柏拉图、苏格拉底的哲学，将有助于你了解什么是ontology，以及为什么对于他们而言概念和概念之间关系的描述显得那么重要。 .“理念论”：是柏拉图哲学的核心概念，他的全部理论大厦都是以此为基点的。柏拉图“理念”是世界万物存在的根本原因或本原。理念是事物的共相。它是通过对事物的抽象而形成的普遍共相，亦即事物的类概念或本质；理念是事物存在的根据。个别事物是由于分有了理念而成为这一事物的，离开了理念就没有事物；理念是事物摹仿的模型。它是事物之完满的模型，事物则是理念的不完满的摹本，事物是因为摹仿了它的理念而成其为事物的；理念是事物追求的目的。它是事物的本质，事物存在的目标就是实现它的本质，从而成为完满的存在。而他建立的包括本体论、认识论、自然哲学、伦理学、国家学说、美学等庞大的唯心主义体系，都是以理念论为理论基础的。 One way of defining an ontology is as ‘an explicit specification of some topic’. For us, this means that we take all the biological processes, molecular functions and cellular components and we record their names and definitions, and how they relate to one another. For each concepts we record a name, a definition, and the relationships between that concept and the others already in GO. * 关于GO的介绍，我们留到背景之后单独进行。下面来看一下，除了概念规范化的需求，生物信息学研究基因功能的其他原因。 * 用图表来说明最是直观。图片来源：Use and misuse of the gene ontology annotations。 2008 nature genetics 显然，利用传统的实验方法研究基因功能，其速度受到了极大的限制。而利用生物信息学的手段来预测基因，会在极大程度上填补这一空白，从表格可以看到，计算机预测的基因功能数目已经极大的超过了实验验证的数目，即使是在模式生物中。 * Pie chart showing homology of predicted human proteins to proteins of other species for those where homologues were detected by computer searches of the public databases. 功能预测目前最广泛的手段是同源性分析。 * 高通量分析中研究功能分布已经成为一种习惯。 * 在更广泛的意义上来理解基因的功能。研究基因的表达调控机制，研究基因在生物体代谢途径中的地位，分析基因、基因产物之间的相互作用关系，预测和发现蛋白质功能，揭示生命的起源和进化 RBP levels elevated in renal failure RBP levels decreased in liver disease * GO具有的意义和当前发挥的作用是广泛的。 * 有向无环图 * 了解这个规则是重要的，请思考为什么～ The cellular process ontology describes where a gene product acts, so this could be nucleus, or as specific as an individual protein complex like the origin recognit