生物信息学（郝大鹏）认识蛋白质.pptVIP

* 《生物信息学与功能基因组学》 * * 作为一个典型的例子，细胞膜也在快速的流动中。这里，我们提到的快速，是相对于细胞的微小结构而言，细胞的内部所有部件都在以相比于同等大小的宏观世界中不可思意的速度运转着。 热使得分子结合，热使得分子分离。热使得分子运动和扩散，并在合适的地方与特定分子结合。 * 范德华力来源于两个相距足够近的分子之间的“非特异”吸引力，产生的基础是分子的靠近所引起的电场的轻微波动。（~1kcal/mol） 室温下分子平均热能为（ 0.6kcal/mol） 氢键形成于一个带部分正电的共价键供体氢原子和一个带部分负电的共价键受体原子之间。 带相反电荷的基团间的静电力称为离子键 * 分子很难和同类型分子结合，因为缺乏必要的对称性。因此，从网络的角度来看，很少有自环等拓扑结构；但也有例外，如水分子 任意两个蛋白质之间互作的概率可以做个估算。 * 因此分子的疏水部分位于核心的内部，被亲水的表面所包围。当两个分子互作时，它们的疏水部分结合在一起。 依靠这一点，以及我们对氨基酸的认识，我们可以从序列中寻找到疏水部分，并判断蛋白质互作的接触部分。 * 类似的问题：火柴的燃烧是释放能量的过程，为什么火柴不自己燃烧？火柴的燃烧需要满足什么条件？ * 认识蛋白质 protein RNA DNA 关注蛋白质 蛋白质是决定细胞性质最主要的物质： 结构功能（细胞骨架，肌动蛋白） 酶功能 细胞转运功能 蛋白质是房子里的家具、墙和地板，还包括管道系统、电力系统、传输系统和垃圾回收系统 If the genome is the blueprint of an organism---who reads it? protein [1] Molecular biology [3] Protein Sequence [2] Protein families, structure and protein function [4] Protein Network Interaction 视角一：分子生物学 热运动 分子在快速运动和不停碰撞 大多数分子在结合和分离的平衡中 热使得分子运动和扩散，并在合适的地方与特定分子结合。 弱化学键 弱化学键和共价键的区别 弱化学键包括： 范德华力 氢键 离子键 疏水键 靠弱化学键形成稳固互作？ 弱相互作用需要互补的分子表面（锁钥关系）： 分子的互作对象不会太多 分子很难和同类型分子结合， 因为缺乏必要的对称性 大多数Protein-Protein 、Protein-DNA由弱化学键介导。 大分子靠疏水“键”稳定 水分子排斥非极性分子的强烈趋势被称作疏水键（hydrophobic bonding） 疏水的作用：蛋白质复合物的稳定、蛋白质在膜上的分布、蛋白质的折叠… 酶 弱化学键是酶和底物结合的基础。 酶要快速的行使其功能（有时可达106/s），需要： 作为随机运动的结果，与底物有特异的亲和性，可以快速结合 作为随机运动的结果，可以快速分解 从热力学理解酶的作用 为什么需要酶？（浓缩的核苷酸为什么不能生成核酸？葡萄糖残基为什么不能直接生成糖原？氨基酸单元为什么不能生产蛋白质？葡萄糖的分解为什么需要繁琐的步骤？） 请思考：化学反应是一个释放自由能的过程，那为什么在生理温度下，如果没有酶，分子转化为其他含较低自由能分子的化学反应几乎没有速度？ 酶的作用 系统自由能 ⊿G 催化反应的壁垒 无催化的壁垒 酶不会改变反应的平衡 热力学规律不允许时，酶的存在没有意义 细胞有合适的酶时，反应才有意义。 视角二：序列 retinol-binding protein (NP_006735) b-lactoglobulin (P02754) 1 MKWVWALLLLAAWAAAERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEG 50 RBP . ||| | . |. . . | : .||||.:| : 1 ...MKCLLLALALTCGAQALIVT..QTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASD. 44 lactoglobulin 51 LFLQDNIVAEFSVDETGQMSATAKGRVR.LLNNWD..VCADMVGTFTDTE 97 RBP : | | | | :: | .| . || |: || |. 45 ISLLDAQSAPLRV.YVEELKPTPEGDLEILLQKWENGECAQKKIIAEKTK 93 lactoglobulin 98 DPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYDTYAV...........QYSC 136