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[ 应用纪要 ] ACQUITY UPLC M-Class在蛋白质组学纳升级应用中的性能 Christopher J. Hughes Johannes P.C. Vissers和James I. Langridge 沃特世公司(英国威姆斯洛) 应用优势 简介 ® ACQUITY UPLC M-Class 系统能够在蛋白质组学 纳升级色谱是自下而上或鸟枪法蛋白质组学实验的理想之选。由于它 应用中以纳升级流速运行，具有以下优势： 能降低样品中低化学计量肽段的稀释效应，因此灵敏度比流速较高的 ■ 出色的色谱保留时间重现性、峰容量和 分离方法更出色。将纳升级的色谱与采用数据非依赖型(DIA)、数据依 灵敏度 赖型(DDA)或多重反应监测(MRM)采集模式运行的QToF质谱仪联用，能 够提高分离的峰容量，从而改善分析结果，实现更高水平的蛋白质/肽 ■ 无论是分析相对简单的样品还是较为 定量和更低的检出限和定量限。 复杂的胰蛋白酶酶切的肽混合物，都 能展现优异的性能 ACQUITY UPLC M-Clas系统能够以纳升到微升范围的流速实现直接液相分离， 操作压力上限为15000 psi。该操作压力上限比nanoACQUITY® UPLC® 系统更 高，因此我们可使用更长的亚2 µm颗粒填充色谱柱，从而达到最大分离 效率。此外，也可在使用较短的色谱柱时提高流速以提高通量。 本应用纪要介绍了ACQUITY UPLC M-Class系统出色的性能特征，展示了采 用DIA HDMSE采集复杂的胰蛋白酶肽样品所得的典型结果。 沃特世解决方案 ACQUITY UPLC M-Class系统 ® SYNAPT G2-Si ProteinLynx Global SERVER™(PLGS)软件 关键词 E MPDS混合物1，MPDS大肠杆菌，MS ， E HDMS ，UPLC 1 [ 应用纪要 ] 实验 结果与讨论 样品 色谱性能是分析复杂混合物时的关键因素，其衡量标准是保留时间 ■ MPDS混合物1，含四种蛋白质的胰蛋白酶 重现性和峰宽。依靠定量、无标记策略的数据采集方法也要依赖保 酶解物：乙醇脱氢酶、牛血清白蛋白、 留时间重现性在多次进样中对分析物进行定性和定量分析。此外， 酵母烯醇酶和兔糖原磷酸化酶 采用UPLC压力运行分析和使用填充较小颗粒的色谱柱能够使峰宽更 窄，有助于实现较高峰容量的分离。更有效的分离能够提高非标记 定量的数据处理算法的准确度。更好的分离不仅能解决色谱峰无法 ■ MPDS大肠杆菌 区分的问题，而且因为共洗脱干扰更少，还能清楚地解析紧密相关 方法条件