不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析 - 东南大学学报.pdf

第３４卷第１期 东南大学学报（自然科 学版 ） Ｖｏｌ３４ Ｎｏ１ 　 ２００４年１月 ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＳＯＵＴＨＥＡＳＴＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ） 　 Ｊａｎ．２００４ 　　　　　　 不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析 顾万君　 周　童　 马建民　 孙　啸　 陆祖宏 （东南大学吴健雄实验室，南京２１００９６） 摘要：在传统的ＣｈｏｕＦａｓｍａｎ蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息， 计算了２００个蛋白（４９种全 结构蛋白，６９种全 结构蛋白，３８种 ＋ 结构蛋白，４４种 ／ 结 α β α β αβ 构蛋白）中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构（：螺旋，：折叠，Ｃ：卷曲）的偏向性参 α β 数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析，得到了氨基酸二级结构偏向性分析中 所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二 级结构预测的准确率有着一定的作用． 关键词：同义密码子使用；氨基酸二级结构偏向性；蛋白质二级结构预测；蛋白质折叠类型；蛋 白设计 中图分类号：Ｑ５２　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００１－０５０５（２００４）０１００７２０６ Ｃｏｄｏｎｂａｓｅｄａｍｉｎｏａｃｉｄｐｒｏｐｅｎｓｉｔｉｅｓｆｏｒｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｕｎｉｔｓ ｉｎｐｒｏｔｅｉｎｓｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｏｌｄｉｎｇｔｙｐｅｓ ＧｕＷａｎｊｕｎ　 ＺｈｏｕＴｏｎｇ　 ＭａＪｉａｎｍｉｎ　 ＳｕｎＸｉａｏ　 ＬｕＺｕｈｏｎｇ （ＣｈｉｅｎＳｈｉｕｎｇＷｕＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＳｏｕｔｈｅａｓｔＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１００９６，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｗｅｈａｖｅｉｎｔｅｇｒａｔｅｄｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓｃｏｄｏｎｕｓａｇｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｉｎｔｏｔｈｅａｍｉｎｏａｃｉｄｐｒｏｐｅｎｓｉｔｉｅｓｆｏｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｐｒｏｔｅｉｎｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｕｎｉｔｓ，ｗｈｉｃｈａｒｅｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌｌｙｕｓｅｄｉｎｐｒｏｔｅｉｎｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｍｅｔｈｏｄ．Ｃｏｄｏｎｂａｓｅｄａｍｉｎｏａｃｉｄｐｒｏｐｅｎｓｉｔｉｅｓｆｏｒｄｉｆｆｅｒｅｎｔｐｒｏｔｅｉｎｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒａｌｕｎｉｔｓ ｉｎｐｒｏｔｅｉｎｓｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｏｌｄｉｎｇｔｙｐｅｓｈａｖｅｂｅｅｎｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍ２００ｇｅｎｅｓｃｏｄｉｎｇｆｏｒｐｒｏｔｅｉｎｓｗｉｔｈ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｏｌｄｉｎｇｔｙｐｅｓ（４９ａｌｌａｌｐｈａｐｒｏｔｅｉｎｓ，６９ａｌｌｂｅｔａｐｒｏｔｅｉｎｓ，３８ａｌｐｈａ＋ｂｅｔａｐｒｏｔｅｉｎｓａｎｄ４４ ａｌｐｈａ／ｂｅｔａｐｒｏｔｅｉｎｓ）．Ｐｒｏｔｅｉｎｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｔｒｕｃｔｕｒｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，ｗｈｉｃｈｉｓｃｏｎｔａｉｎｅｄｎｏｔｏｎｌｙｉｎａｍｉｎｏ ａｃｉｄｓｅｑｕｅｎｃｅｓｂｕｔａｌｓｏｉｎｍＲＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，ｉｓｐｒｏｐｏｓｅｄｉｎｔｈｅｓｅｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓｃｏｄｏｎｓｐｅｃｉｆｉｃａｍｉｎｏ ａｃｉｄｐｒｏｐｅｎｓｉｔｙｐａｒａｍｅｔｅｒｓ．Ｄｅｔａｉｌｅｄａｎａｌｙｓｉｓｓｈｏｗｓｔｈａｔｃｏｄｏｎｂａｓｅｄａｍｉｎｏａｃｉｄｐｒｏｐｅｎｓｉｔｉｅｓａｒｅｎｏｔ ａｌｌｔｈｅｓａｍｅａｍｏｎｇｄｉｆｆｅｒｅｎｔｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓｃｏｄｏｎｓ，ｗｈｉｌｅｔｈｅｙａｒｅａｌｓｏｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｐｒｏｔｅｉｎ ｃｌａｓｓｅｓｗｉｔｈｄｉｆｆｅｒｅｎｔｆｏｌｄｉｎｇｔｙｐｅｓ．Ｔｈｅｓｅｃｏｄｏｎｂａｓｅｄａ