环糊精二聚体的分子动力学模拟与自由能计算 - 中国科学.pdf

中国科学 B 辑 :化学 2008 年 第 38 卷 第 4 期 : 301 ~ 307 SCIENCE IN CHINA PRESS 环糊精二聚体的分子动力学模拟与自由能计算 孙婷婷, 蔡文生, 邵学广* 南开大学化学系, 天津 300071 * 联系人, E-mail: xshao@ 收稿日期: 2008-03-06; 接受日期: 2008-03-17 国家自然科学基金(批准号:和教育部博士点基金(批准号: 20050055001)资助项目 摘要 采用分子动力学方法模拟了天然α, β, γ-环糊精(cyclodextrin, CD) 二聚体以及 关键词 6-O-(4-hydroxybenzoyl)-β-CD(HB-β-CD) 二聚体在真空和水溶液环境下的结构和相互作用. 环糊精二聚体 利用自由能微扰方法计算了三种取向二聚体的结合自由能, 以判断其稳定性差异. 结果表明, 分子动力学 在真空中由于分子间氢键作用, 3 种天然 CD 均以大口端-大口端为优势稳定取向, 在溶液中 自由能微扰 三种天然 CD 二聚体平衡后的结构受到水的影响发生了很大的变化, 且稳定性降低, 而两个 HB-β-CD 形成的相互包结的二聚体的结构变化不大. 自由能计算的结果表明, 无论在真空还 是溶液中, 由于包结作用HB-β-CD 二聚体的小口端-小口端为明显的优势取向, 且稳定性要 远远大于天然β-CD 二聚体. 常见的环糊精(cyclodextrin, CD)有α-, β-, γ-CD, 力学(molecular dynamics, MD)模拟 [11~14]和量化计算 分别包含6, 7, 8 个葡萄糖单元[1]. 由于具有疏水空腔, [15~17] 的结果. 使其可与多种客体分子形成包结物, 从而改善客体 本文采用 MD 模拟与自由能微扰(free energy 分子的溶解度, 稳定性等 [2]. 因此CD在食品、医药、 perturbation, FEP)方法研究了天然 CD 二聚体在真空 化妆品等领域得到广泛应用 [3,4]. CD分子在与客体分 中和溶液中各种可能取向的相互作用和结合自由能: 子进行包结时, 除了以 1:1 的比例形成包结物外, 还 大口端- 大口端(head-to-head, HH), 大口端- 小口端 : : : (head-to-tail, HT) 以及小口端-小口端(tail-to-tail, TT), 可以形成 2 1 或 2 2 的包结物, 甚至是n 1 式的轮烷 分子项链 [5], 因此需要研究两个CD分子的结合方式. 并分析了溶剂的影响. 与文献[12]相比, 在结合自由 尽管已有实验报道了三分子准轮烷的晶体结构中穿 能的计算方法上不同; 而且, 我们还用同样的方法进 越在链状分子上的CD二聚体的取向, 但在水溶液中 一步对β-CD衍生物 6-O-(4-hydroxybenzoyl)-β-CD(HB- 仍不能排除三种取向的可能性 [6]. 在分子项链中用 β-CD)所形成的包结式二聚体进行了研究, 并与天然 NMR和X射线衍射实验方法确定的CD在链上排列方 CD 二聚体的相互作用和结合自由能进行了比较. 式也只是该超分子结构的平均信息 [7]. 另外, 实验中 1 理论和方法 还观测到关于桥联式, 或者是以包结形式形成的超 分子二聚体 [8,9], 并通过NMR 、微量量热法和扫描隧 1.1 分子模型 道显微镜的方法研究了