药物虚拟筛选.PDFVIP

药物虚拟筛选 1 背景  动物模型 ◦ 成本高、效率低、速度慢、样品需要量大等特点  高通量筛选 ◦ 自动化操作、检测灵敏快速 ◦ 待筛样品数量成为重要瓶颈（组合化学） ◦ 阳性率很低, （0.1 ‰），成本高  药物虚拟筛选 ◦ 阳性率一般在5%～20% ◦ 与实验筛选结合，可优势互补 2 虚拟筛选的应用和优势 1. 确定药物筛选的疾病相关药物靶点 2. 设计虚拟筛选策略  初步过滤： • 排除非类药① • 排除假阳性②  虚拟筛选 • 药效团模型③ • 分子对接④ • 相似性分析⑤  生物活性评价 3. 反馈到数据库 3 小分子数据库 剑桥小分子数据库 MDL数据库  天然产物数据库  现有供虚拟筛选的商业化合物数据库  现有供查询的免费化合物数据库 ( 一 ) 剑桥小分子数据库 • 剑桥结构数据库(Cambridge Structural Database, CSD)是基于X- 光和中子衍射实 验唯一的有机小分子及有机金属分子晶体 结构数据库。www.ccdc.cam.ac.uk ( 二 ) MDL数据库 1）ACD数据库 • ACD-3D ：现有化学品目录三维结构数据库 • ACD-SC是MDL公司为了迎合高通量筛选而开发 的数据库 ，超过150万个化合物的三维结构及相关 信息。ACD-SC每个季度更新一次。 2）药物数据报道三维结构数据库（MDDR-3D） 3）综合药物化学三维结构数据库 （Comprehensive Medicinal Chemistry-3D） • 根据Pergammon 出版的 《综合药物化学》一书所 载的信息发展而成的。 • 含有7,900 多种化合物。所有这些化合物曾作为药 物试剂进行过人体实验。数据包括药物名称同义词、 药物分类、LogP值和pKa值，还包括美国化学文摘 社（CAS）登录号和参考文献。 • 成为一种探索构效关系（SAR）、假定和改进药 效基团特性等十分有用的工具。 4）NCI-3D数据库 • 美国国家癌症研究院（NCI）将其测试过 的21 万多种具有2D和3D结构的化合物制成了 文本文件。每个化合物都有CAS登录号。MDL 将该数据库进行了转换，以便与ISIS 连用。这 些资料属于公用范畴。 5）AIDS数据库 • 包括了经过美国国家癌症研究院（NCI） 测试过AIDS抗过滤性病原体活性的42 ，687 个化合物的数据 • 有NSC号、CA登记号、化学名等基本信 息外，还包括了EC50值、LC50值、活性等 级以及化合物二维、三维结构等药物研究者 非常关心的信息。 • 作为MDL 的公共数据库之一，购买了 ISIS/Host 的用户只需和MDL签订一份使用协 议就可免费使用该数据库。 ( 三 ) 天然产物数据库(CNPD) China Natural Product Database • 含近60000条化合物。 • 商业版数据库包含12521条记录。 •提供植物来源、传统功用、参考文献等重要信息， 可以扩展成中药方剂库，有利于中药方剂作用机制 的研究。 •研究天然产物在体内的作用机理。 天然产物数据库界面图 (四）现有供虚拟筛选的商业化合物数据库 数据库名称 公司 化合物数 • 网址 ACD-3D MDL 409,123 / ACD-SC MDL信息系统公司 2,000,000 / MDDR-3D MDL信息系统公司. 106,592 / CMC MDL信息系统公