血皮槭叶绿体DNA非编码区差异序列筛选和分析.PDFVIP

林业科学研究　２０１７，３０（４）：６７４ ６７８ ＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ 　　ＤＯＩ：１０．１３２７５／ｊ．ｃｎｋｉ．ｌｙｋｘｙｊ．２０１７．０４．０２０ 血皮槭叶绿体ＤＮＡ非编码区差异序列筛选和分析 叶学敏，于雪丹，付其迪，郑勇奇，张川红 （中国林业科学研究院林业研究所，国家林业局林木培育重点实验室，北京 １０００９１） 摘要：［目的］筛选出高变异率的叶绿体ＤＮＡ序列，以进行血皮槭天然群体的谱系地理学研究。［方法］以血皮槭 １６ 个天然群体为试材，对叶绿体基因组２０个非编码区序列进行测序研究，并利用筛选出的高变异率ｃｐＤＮＡ序列初步 分析了其遗传变异。［结果］序列比对和系统发育分析结果显示血皮槭ｃｐＤＮＡ种内变异非常低，９个ｃｐＤＮＡ序列检 测到不同程度的变异位点，其中只有４个序列ｐｓｂＪｐｅｔＡ、ｎｄｈＦｒｐｌ３２、ｔｒｎＤｔｒｎＴ和ｔｒｎＨｐｓｂＡ表现出较高的变异水平。 ［结论］筛选出的４个高变异率ｃｐＤＮＡ序列，可以在分子水平上研究血皮槭种内的系统发育、遗传变异和种群历史 动态，为进一步研究濒危种血皮槭的分子谱系地理学奠定基础。 关键词：血皮槭；ｃｐＤＮＡ；序列筛选；序列比对；系统发育分析 中图分类号：Ｓ７１８．４６ 文献标识码：Ａ　　　文章编号：１００１－１４９８（２０１７）０４０６７４０５ ＤｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＮｏｎｃｏｄｉｎｇＣｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ＤＮＡＳｅｑｕｅｎｃｅｓｉｎＡｃｅｒｇｒｉｓｅｕｍ ＹＥＸｕｅｍｉｎ，ＹＵＸｕｅｄａｎ，ＦＵＱｉｄｉ，ＺＨＥＮＧＹｏｎｇｑｉ，ＺＨＡＮＧＣｈｕａｎｈｏｎｇ （ＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ；ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＴｒｅｅＢｒｅｅｄｉｎｇａｎｄ Ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ，ＳｔａｔｅＦｏｒｅｓｔｒｙＡｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，Ｂｅｉｊｉｎｇ１０００９１，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］ＢｙｓｃｒｅｅｎｈｉｇｈｌｙｖａｒｉａｂｌｅｃｐＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓｔｏｓｔｕｄｙｔｈｅｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｙｏｆＡｃｅｒｇｒｉｓｅｕｍ． ［Ｍｅｔｈｏｄ］ＴｗｅｎｔｙｎｏｎｃｏｄｉｎｇｃｐＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｅｒｅｓｅｑｕｅｎｃｅｄ．Ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｔｉｏｎｏｆｓｉｘｔｅｅｎｎａｔｕｒａｌｐｏｐｕｌａ ｔｉｏｎｓｉｎＡ．ｇｒｉｓｅｕｍｗａｓｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｉｌｙａｎａｌｙｚｅｄｗｉｔｈｔｈｅｓｅｌｅｃｔｅｄｈｉｇｈｌｙｖａｒｉａｂｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．［Ｒｅｓｕｌｔ］Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓａ ｌｉｇｎｍｅｎｔａｎｄｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｓｉｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｉｎｔｒａｓｐｅｃｉｆｉｃｖａｒｉａｔｉｏｎｏｆｃｐＤＮＡｉｎＡ．ｇｒｉｓｅｕｍｗａｓｖｅｒｙｌｏｗ． ＤｉｆｆｅｒｅｎｔｖａｒｉａｔｉｏｎｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄｉｎｓｏｍｅｌｏｃｉｏｆｎｉｎｅｃｐＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｎｄａｒｅｌａｔｉｖｅｈｉｇｈｌｅｖｅｌｏｆｖａｒｉａｔｉｏｎｄｉｓ ｐｌａｙｅｄｉｎｆｏｕｒｓｅｑｕｅｎｃｅｓｐｓｂＪｐｅｔＡ，ｎｄｈＦｒｐｌ３２，ｔｒｎＤｔｒｎＴａｎｄｔｒｎＨｐｓｂＡ．［Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ］Ｔｈｅｆｏｕｒｓｅｌｅｃｔｅｄｈｉｇｈｌｙ ｖａｒｉａｂｌｅｃｐＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｓｃｏｕｌｄｂｅｕｓｅｄｔｏｓｔｕｄｙｔｈｅｐｈｙｌｏｇｅｎｙａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｔｉｏｎａｎｄｃｌａｒｉｆｙｔｈｅｈｉｓｔｏｒｙｏｆｐｏｐ ｕｌａｔｉｏｎｄｙｎａｍｉｃｓｏｆＡ．ｇｒｉｓｅｕｍ．ＴｈｅｓｅｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｉｌｌｌａｙａｆｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒｆｕｔｕｒｅｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｉｃｓｔｕｄｙｉｎＡ．ｇｒｉｓｅ ｕｍ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ａｃｅｒｇｒｉｓｅｕｍ；ｃｐＤＮＡ；ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｓｃｒｅｅｎｉｎｇ；ｓｅｑｕｅｎｃｅｓａｌｉｇｎｍｅｎｔ；ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｎａｌｙｓｉｓ 　　血皮槭（Ａｃｅｒｇｒｉｓｅｕｍ（Ｆｒａｎｃｈ．）Ｐａｘ）为中国特有