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高性能计算常用应用介绍 谈到高性能计算，很多人都会想到那些每秒可以运行百万亿次、千万亿次计算的超级计算机，如最近炒得很火爆的“天河一号”、“曙光6000“等，但很少有人会想到上面跑的软件。其实，硬件只是基础，只是提供了平台和资源，真正发挥作用的还得依靠软件。一直以来，国内“重硬轻软”的现象非常严重，每当有一代新的超级计算机研制成功，从厂商到媒体到政府，都会进行铺天盖地的宣传。 　　但对于应用单位来说，跟自己关系更加密切的却是“软件”，是“应用”。就在上个月举行的全国高性能计算学术年会上，我们对250多位来自全国各地的高性能计算中心、高校和科研院所、企业等单位代表进行了问卷调查，大家普遍反映，就目前的高性能计算现状来看，软件仍然是大问题，突出表现在几个方面： 　　. 目前软件水平远跟不上硬件发展，应齐头并进，为合适的硬件平台开发合适的软件。 　　. 缺乏相应的软件框架支持，并行化难度高，并行化开发急需提升。 　　. 改善编程环境，发展和优化并行编程环境与工具，研究并行编程模型，开发国产自主知识产权并行应用软件。 　　. 增强专业领域有影响力的并行软件开发能力，做出几个极具国际影响力的应用软件来推广应用。 　　为此，我们对中科院超级计算中心、中南大学高性能计算中心等所使用的软件情况进行了一番整理，也借此机会向大家介绍一下这些高性能计算软件。 　　由于高性能计算涉及的领域很广泛，要模拟计算的问题也是千差万别，所以这个领域的软件跟一般企业里使用的ERP、数据库、操作系统等不同，在数量上非常繁多。比如这次HPC China 2010参会单位涉及的领域就包括EDA设计仿真、CAE、数值计算、计算化学、计算物理、材料设计、量子力学、分子动力学、流体力学、工业设计、图像渲染、生物信息、生命科学、气象、天文、金融、石油勘探、工程计算、地震资料处理、集群管理、并行应用软件开发(MPI、OpenMP、CUDA)、Linpack测试研究、超算服务等。 　　以中科院超级计算中心为例，其深腾7000平台上跑的商业软件和开源软件就有50多种，如下表所示： 深腾7000付费应用软件 序号 名称 简介 1 ADF ADF是一款密度泛函计算软件 2 Amber 分子力场软件 3 ANSYS LS-Dyna 计算力学、有限元计算软件 4 ANSYS Mechanics 结构计算软件包 5 AVS 可视化处理软件包 6 CFX 通用CFD软件包，工程计算 7 Crystal 材料科学软件包 8 Fluent 通用CFD软件包，工程计算 9 IDL/FastDL 大数据集的可视化和分析软件包 10 Intel C/C++ Compiler Intel C/C++ 编译器的Linux版本 11 Intel Fortran Compiler Intel Fortran 编译器的Linux版本 12 Intel MKL Intel数学核心函数库，是一套针对科学工程计算和金融领域中一些对性能要求很高而开发的高度优化的多线程数学函数库 13 ITAC 用来帮助理解MPI程序的行为，快速发现程序的瓶颈从而取得并行程序的高性能 14 LSF LSF是Platform公司的作业管理系统软件。 15 Materials Studio 计算材料学软件 16 Matlab 数值计算软件 17 Medea VASP 第一原理分子动力学计算软件 18 Molpro Molpro是一款高精度电子结构量化计算软件。 19 ParaWise ParaWise是一种半自动的程序并行化工具。它分析串行程序，通过用户交互式的操作可以生成包含MPI或者OpenMP调用的程序 20 PGI Compiler PGI的并行化F77，F95，HPF，C和C++编译器的linux版本 21 Q-Chem 计算化学软件包 22 Spartan 计算化学软件包 23 Tecplot 可视化处理软件包 24 TotalView 图形化的源代码检测分析工具，可以提供给用户进程和线程级别的控制以及对程序状态和变量的可视化 25 TurboMole 量子化学计算软件 26 VTUNE 用来分析基于x86系列处理器的软件性能瓶颈，具有图形和命令行界面 27 Wien2K 计算化学/计算材料学软件 ?深腾7000开源软件? 序号 名称 简介 1 Abinit 基于密度泛函理论，采用赝势和平面波基矢的方法来处理由电子和核所组成的体系的程序包，它可以计算体系的总能、电荷密度以及电子结构。 2 Amber 分子动力学软件，用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。 3 ATLAS Automatically Tuned Linear Algebra Software,性