同源四倍体自然群体的连锁不平衡分析模型-南京林业大学学报.PDF

第３８卷　 第４期 南京林业大学学报（自然科学版） Ｖｏｌ．３８，Ｎｏ．４ ２０１４年７月 Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎａｎｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ （Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｅｄｉｔｉｏｎ） Ｊｕｌ．，２０１４ － ｄｏｉ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１０００ ２００６．２０１４．０４．００６ 同源四倍体自然群体的连锁不平衡分析模型 １ １，２ １ １∗ 冯思思 ，王建新 ，庞晓明 ，邬荣领 （１．北京林业大学计算生物学中心，北京　 １０００８３；２．北京林业大学信息学院，北京　 １０００８３） 摘要：半数以上的被子植物是多倍体或在其进化史上出现过多倍体现象，连锁不平衡分析是研究自然群体遗传 结构、分化及多样性的重要工具，但这一方法目前仅适用于二倍体自然群体。 笔者根据同源四倍体减数分裂的 特点推导出计算分子标记间连锁不平衡的统计模型，利用基因频率和基因型频率的关系，以计算机模拟试验验 证了模型的有效性，并给出了模型的适用条件，即样本数量为２００ 时，采用该模型估算的平均值可以满足分析 要求。 关键词：同源四倍体；连锁不平衡；统计模型；最大期望算法 － － － 中图分类号：Ｓ７２２　 　 　 　 　 　 　 　 文献标志码：Ａ 文章编号：１０００ ２００６（２０１４）０４ ００２９ ０５ Ａ ｍｏｄｅｌ ｆｏｒ ｌｉｎｋａｇｅ ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ ａｎ ａｕｔｏｔｅｔｒａｐｌｏｉｄ ｎａｔｕｒａｌ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ １ １，２ １ １∗ ＦＥＮＧ Ｓｉｓｉ ，ＷＡＮＧＪｉａｎｘｉｎ ，ＰＡＮＧ Ｘｉａｏｍｉｎｇ ，ＷＵ Ｒｏｎｇｌｉｎｇ （１．Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００８３，Ｃｈｉｎａ；２． Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００８３，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｍｏｒｅｔｈａｎ５０％ ｏｆ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓａｒｅｐｏｌｙｐｌｏｉｄｙ，ｏｒｈａｖｅｅｘｐｅｒｉｅｎｃｅｄｇｅｎｏｍｅｄｏｕｂｌｉｎｇｉｎｔｈｅｉｒｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｈｉｓ⁃ ｔｏｒｙ．Ｔｈｕｓ，ｐｏｌｙｐｌｏｉｄｓｐｒｏｖｉｄｅａｖａｌｕａｂｌｅｔｏｏｌｔｏｓｔｕｄｙｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｓａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｐｌａｎｔｓ．Ｌｉｎｋａｇｅｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍａｎａｌｙ⁃ ｓｉｓｈａｓ ｂｅｅｎ ｗｉｄｅｌｙ ｕｓｅｄ ｔｏ ｉｎｆｅｒ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎｄ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ｎａｔｕｒａｌ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ，ｂｕｔ ｉｔｓ ｂａｓｉｃ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｗａｓｆｏｕｎｄ ｏｎ ａ ｄｉｐｌｏｉｄ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ． Ｉｎ ｔｈｉｓ ａｒｔｉｃｌｅ，ｗｅ ｈａｖｅ ｄｅｒｉｖｅｄ ａ ｍｏｄｅｌ ｆｏｒ ｌｉｎｋａｇｅ ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ａｎａｌｙｓｉｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ａ ｐａｉｒ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓｆｏｒｔｈｅｆｉｒｓｔｔｉｍｅｂａｓｅｄｏｎｍｅｉｏｔｉｃｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓｏｆ ａｕｔｏｔｅｔｒａｐｌｏｉｄｓ． Ｃｏｍｐｕｔｅｒ ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ ｈａｓ ｂｅｅｎ ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ ｔｏ