引物找周边序列及引物扩增目的序列.docVIP

一、一个引物找周边序列 1.进NCBI BLAST模式 2.粘贴相关序列 blast后（例如水稻内源基因引物GGAAAGCCGATGGCATCAG） 3.出现相关序列 4.找到下方alignment，也就是 5.选择合适的物种，点击graphics，得到下面图形 最下方的序列为我们输进去的序列，上面两条黑色的链条是与其匹配的DNA双链，点击并按住鼠标可左右移动该双链，点击右键可以下载（FASTA格式为单纯序列格式），下载的序列片段长度为网页所显示的长度，如果想扩大范围，可以点击移动双链序列上方的（-+）按钮。 二、一对引物找扩增序列（电子PCR） 以水稻内源基因引物为例: 上游外引物F3-2: GGAAAGCCGATGGCATCAG 下游外引物B3-2: TCTCCATTGTCCTCCTCTGC （反向互补GCAGAGGAGGACAATGGAGA） 进NCBI BLAST页面，找到下面的特殊blast中的primer-blast 点开primer-blast页面， A.输入自己的引物 B.选择数据库database（如Mrna,或genomes） D.点 ，就可以出结果。 E.点击合适物种链接如，得全基因图； F. 也可以继续点击graphics，得下图（点击-+按键调节显示序列，点击并按住可以拖动双链至合适位置（D上显示1750-1928为目的序列）： G.在双链上点击右键，选save，选fasta，然后保存到电脑，此.fa文件可以用IE打开，得到下列目的序列 gi|115468835|ref|NM_001064552.1|:1741-1966 Oryza sativa Japonica Group Os06g0604400 (Os06g0604400) mRNA, complete cds CATTTGCATGGAAAGCCGATGGCATCAGACCAGAAGACATTGAGGCGTTGCATCTGATTCCCAGAGAGATTTCTCTGAAGATTGTGAACAAGATTGAAGCTGGTGAGCGTTTTGCAGTCTATGTTGTGCTGCCAATGTGGCCTGAAGGACCTCCTGCTAGTGGATCAGTGCAGGCAATACTGGATTGGCAGAGGAGGACAATGGAGATGATGTACTATGATATTGC 3.水稻内源基因LAMP扩增片段及引物 水稻内源基因引物2: 上游外引物F3-2: GGAAAGCCGATGGCATCAG 下游外引物B3-2: TCTCCATTGTCCTCCTCTGC 上游内引物FIP-2：GCAAAACGCTCACCAGCTTCAA（反向互补TTGAAGCTGGTGAGCGTTTTGC） -GACATTGAGGCGTTGCATCT 下游内引物BIP-2：ATGTTGTGCTGCCAATGTGGC-CCAGTATTGCCTGCACTGAT（反向互补ATCAGTGCAGGCAATACTGG） 内源基因内源基因扩增序列如下： Oryza sativa Japonica Group genomic DNA, chromosome 6, PAC clone:P0481H08 CATTTGCATGGAAAGCCGATGGCATCAGACCAGAAGACATTGAGGCGTTGCATCTGATTCCCAGAGAGATTTCTCTGAAGATTGTGAACAAGATTGAAGCTGGTGAGCGTTTTGCAGTCTATGTTGTGCTGCCAATGTGGCCTGAAGGACCTCCTGCTAGTGGATCAGTGCAGGCAATACTGGATTGGCAGAGGAGGACAATGGAGATGATGTACTATGATATTGC