谷子bHLH转录因子生物信息学分析.doc

谷子bHLH转录因子生物信息学分析 1、相关定义 1.1、化学信息学基本概念 化学计量学与化学信息学,这是一个说不清楚的话题,chemometrics 和 chemoinformatics,前者的本质就是从化学数据中提取信息,而后者从名字就 可以看出来;现在文献上有许多混乱,学术界也争论较多。 化学计量学的概念于近 30 年前提出,在我国发展已有 20 多年的历史。它 是一门化学与统计学、数学、计算机科学交叉所产生的新兴的化学分支学科(图 3)。它运用数学、统计学、计算机科学以及其他相关学科的理论与方法,优化 化学量测过程,并从化学量测数据中最大限度地提取有用的化学信息 [2-6] 。随着 这些科学的发展,不断的将很多新的原理、方法与技术引入这一领域,使化学 计量学的理论与应用研究得以扩大和深入,并在解决复杂的化学问题中显示出 强大的生命力。 1.2、生物数据通路定义 要弄懂生物通路的概念首先要对代谢网络有所了解,代谢网络的概念是在 20 世纪 中叶,随着分子生物学的诞生而被科学家们提起的。科学家们认为,生命的各种行为都 可以从分子层观察,也都可以通过生物大分子的物理化学性质加以解释。美国科学家 G.B.West 等人提出生命不仅仅存在于三维空间中,而且存在于第四维空间,即生物的代 谢网络,这个观点是根据分形几何理论提出的[27]。代谢网络理论将生物体内各种分子之 间相互作用的研究上升到网络整体的角度,不再孤立的研究。由于生物体系统复杂程度 超乎想象,研究整个生物体网络仍有技术水平的限制,目前人们更青睐于对生物体局部 网络的研究。网络是由许多通路构成,通路和通路之间也有交叉和联系。生物通路是细 胞中参与同一个生物过程的生物分子之间的相互作用及功能关系[28]。它是生物网络的初 级形式之一,在细胞的生长、分裂、代谢、凋亡等生命过程中起着非常重要的调控作用, 同时也与许多生物学功能及医疗制药紧密相关,是系统生物学网络研究的基础。 生物通路是细胞中一系列分子活动导致了某一产物的生成或是细胞的变化。通路可 以触发新分子的聚集,例如脂肪或蛋白。通路也可以作为基因开关或刺激细胞开始运动。 通路分为很多种类;一些最常见的都在新陈代谢,基因调控以及信号传送当中。生物网 络在不同的描述层面研究和建模从而建立了不同类型的通路,例如,代谢通路是用来描 述代谢物是如何通过酶促化学反应转化的,又如主管日常能源通路中的糖酵解或磷酸戊 糖通路,其他通路类型如基因调控通路负责基因的打开与关闭,信号转导通路也被称为 信息代谢,解释了细胞是如何接收,处理以及对外界环境信息做出反应的。 1.3、在不同子通路中调控模式的定义 我们依据宿主基因是否在寄生虫中有同源基因,将宿主的代谢通路分为两个部 分:宿主和寄生虫共有通路和宿主独有通路。我们对每条子通路的调控模式的定义 则基于富集分析的结果。如果子通路中处于上调基因显著富集则称该子通路为上调 模式,若该子通路中下调基因显著富集,则该子通路为下调模式。在计算中,芯片 上所有的基因及其差异表达情况仍作为背景值,而前景则取每条子通路的基因和其 中的差异表达基因。同样,我们利用 Bonferroni 校验修正检验 P 值。 1.4、生物监测与生物标志物的概念 生物监测(biological monitoring 或 biomonitoring)是”利用生物个体、种 2 群或群落对环境质量及其变化所产生的反应和影响来阐明环境污染的性质、程度 和范围,从生物学角度评价环境质量状况的过程。生物监测包括生态学监测和毒 理学监测[8]。简言之,生物监测是以生物个体、种群或群落为研究对象、材料或 手段而进行的反映环境质量状况的监测。 在生物监测中,采用活的生物体指示环境污染的不利影响,这些生物个体对 环境的变化反应敏感,是环境污染的指示生物。利用指示生物评价海水重金属污 染的生态风险,可从生态水平、个体水平和分子水平上进行:一是观察水生生物 群落结构(群落生态和个体生态) 的变化[9-10];二是生物累积法[11-13];三是重金属 对水生生物的毒性试验和生化指标分析[14-18]。其中,环境中微量或痕量水平的污 染物能引起生物细胞出现可被检测的生理性改变,这些细胞被称为细胞生物标志 物(cell biomarkers),而介入该生理性变化的分子则被称为分子生物标志物 (molecular biomarkers, MBMs)[19]。过去 30 多年来,众多生态毒理学的研究表明, 基于分子水平响应的生物标志物对污染物具有较高灵敏性,能够提供环境干扰的 早期信号,适于环境污染和生态系统健康的早期预警[20-22]。 1.5、生物多样性的概念 “生物多样性”一词的英文为 Biodiversity,对其理解因人而异。美国技术监