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2017-10-01 发布于北京
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利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位.pdf

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利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位.pdf

第24卷第4期济南大学学报(自然科学版) V01．24No．4 2010年10月 OFUNIVERSITYOF Oct．2010 JOURNAL JINAN(Sci．andTech．) 文章编号：1671—3559(20lo)04-0376一04 利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位刘立元，陈月辉，马炳先，曹毅 (济南大学信息科学与工程学院，山东济南250022) 摘要：针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信患学中研究的热点问题，提出进化模糊K近邻 K—Nearest 算法(EvolutionaryFuzzy 列中预测蛋白质亚核定位。采用5种特征提取算法从蛋白质序列中提取特征，训练了5个基于EFKNN的基分类器，并根据得票量大小原则集成每个基分类器的分类结果作为待测样本的输出。将蛋白质亚核定位预测中常用的数据集SNL9作为训练集，利用jackknife测试方法预测了数据集中每条单定位亚核蛋白，正确率为70．0％，表明该模型可以作为蛋白质亚核定位预测的工具或对现有预测模型和方法的补充。关键词：蛋白质亚核定位；集成学习；进化模糊K近邻；粒子群优化算法；Jackknife验证中图分类号：11P181 文献标志码：A PredictionofProteinSubnuclearLocationEvolutionary Using K-Nearest andItsEnsemble Fuzzy Neighbors LIU Yi U-yuan，CHENYue-hui，MABing-xian，CAO ofInfonnafionScienceand 0f (School Engineering，UniversityJinan，Jim250022，China) thehot ofhowto onfunctionandlocationof found fromtlleir Abstract：For information problem directlypredict newly protein in modelthatIlSes K-nearest to sequencesbioinformaties，a evolutionaryfuzzy distinguish primitive multi-classis ofsubnuelearfromtheir aminoacid EFKNNanditsen— problemsproposed．Predictionproteins primitive sequencesusing hasbeen in EFKNN basedonbaselearnerseachofwhose willbe sembh our咖dy．Five successfullyaccomplished algorithms