生物大分子构象采样方法与自由能计算.pptVIP

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2017-09-29 发布于广东
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生物大分子构象采样方法与自由能计算.ppt

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生物大分子构象采样方法与自由能计算

* 苏氨酸 [1] Chen, C., Calculation of the local free energy landscape in the restricted region by the modified tomographic method. J. Phys. Chem. B, 2016. 120: 3061-3071. [2] Chen, C., Y. Huang, W. Jiang, and Y. Xiao, A fast tomographic method for searching the minimum free energy path. J. Chem. Phys., 2014. 141: 154109. [3] Chen, C., Y. Huang, X. Ji, and Y. Xiao, Efficiently finding the minimum free energy path from steepest descent path. J. Chem. Phys., 2013. 138: 164122. [4] Chen, C., Y. Huang, X. Jiang, and Y. Xiao, Binding free-energy calculation of an ion-peptide complex by constrained dynamics. Phys. Rev. E., 2013. 87: 062705. [5] Chen, C., Y. Huang, and Y. Xiao, Free-energy calculations along a high-dimensional fragmented path with constrained dynamics. Phys. Rev. E., 2012. 86(3-1): 031901. [6] Chen, C. and Y. Xiao, Accurate free energy calculation along optimized paths. J. Comput. Chem., 2010. 31: 1368-1375 相关文章 * * 感谢华中科技大学物理学院计算生物物理团队在肖奕教授的领导下，经过多年发展，建立了相当规模的计算机集群，现有计算节点37个 CPU计算核心240个 GPU计算卡51个谢谢大家 ! * 虽然副本很多，但我们需要知道的是，我们真正关心的是，在常温下，正则系综中采样得到的数据，也就是最下面一行，只有基于这些数据才能得到实际有用的自由能。 * * * * * 注意，这里是144个自由度的坐标空间被压缩到一个自由度的集合坐标空间 * 温度均与分布 * 可见 1 温度也不一定是越多越好，有一个饱和极限. 2 与之前的结果做一下比较，我们发现，增加活跃副本数目，可以加快自由能计算的收敛速度，而增加温度，则可以改进自由能计算的精度。 * * * 性能比较（Ising模型） T=1.4 reduced magnetization * T=1.4 to 1.8 不同数目的活跃副本在固定的8个温度上模拟 REMD Simulated Tempering our method 性能比较（Ising模型） * T=1.4 to 1.8 2个活跃副本在不同数目的温度上模拟性能比较（Ising模型）自由能计算误差 * 实际表现（Trpzip2发卡） Chen, C. and Y. Xiao, Observation of multiple folding pathways of β-hairpin trpzip2 from independent continuous folding trajectories. Bioinformatics, 2008. 24: 659-665. * 12个副本12个温度 6个副本6个温度 6个副本16个温度 * 温度空间分布函数比较能量空间分布函数比较 * 能量函数热熔函数自由能函数 * [1] Chen, C. and Y. Huang, Walking freely in the energy and temperature space by the modified replica exchange molecular dynamics method. J. Comput. Chem., 2016. 37: 1565-1575. [2] Chen, C., Y. Xiao, and Y. Huang, Improving the replica-exchange molecular-dynamics method for efficient s