穗花杉的转录组测序及其转录组特性分析.pdfVIP

林业科学研究　２０１７，３０（５）：７５９ ７６４ ＦｏｒｅｓｔＲｅｓｅａｒｃｈ 　　ＤＯＩ：１０．１３２７５／ｊ．ｃｎｋｉ．ｌｙｋｘｙｊ．２０１７．０５．００８ 穗花杉的转录组测序及其转录组特性分析 １ １ ２ １ １ 王　帅 ，邵芬娟 ，李　论 ，芦　强 ，邱德有 （１．中国林业科学研究院林业研究所，北京　１０００９１；２．广西桂林小庐山生态农业发展有限公司，广西 桂林　５４１２０５） 摘要：［目的］通过对红豆杉科穗花杉属的穗花杉进行转录组测序，为穗花杉的萜类合成途径和分类学研究提供支 持。［方法］利用ＨｉＳｅｑ２５００技术对穗花杉的茎叶进行转录组测序。［结果］穗花杉转录组测序共得到８．１４Ｇｂ的 ｃｌｅａｎｄａｔａ。从头组装共获得８２８８４条ｕｎｉｇｅｎｅ，其中有２７４９５条ｕｎｉｇｅｎｅ被注释。此外，在８２８８４条ｕｎｉｇｅｎｅ中共搜 索到２８２７个ＳＳＲ位点，单核苷酸重复ＳＳＲ出现频率最高（６０．１％），其次为三核苷酸重复ＳＳＲ（２５４％）。在穗花杉 ｕｎｉｇｅｎｅ中挖掘出了１个牦牛儿基焦磷酸合成酶（ＧＰＳ）、１个法尼烯基焦磷酸合成酶（ＦＰＳ）和５个牦牛儿基牦牛儿基 焦磷酸合成酶（ＧＧＰＳ）的同源基因，同时得到紫杉二烯合成酶（ＴＳ）同源基因１３个。［结论］发现了２０个与萜类合 成有关的ｕｎｉｇｅｎｅ和２８２７个ＳＳＲ位点，为今后穗花杉萜类生物合成研究，特别是紫杉二烯合成酶编码基因的研究 打下了基础，也为该物种系统分类地位及遗传多样性研究提供了新的遗传信息。 关键词：穗花杉；转录组；ＳＳＲ；萜类合成基因；分类 中图分类号：７１８．４６ 文献标识码：Ａ　　　文章编号：１００１１４９８（２０１７）０５０７５９０６ ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎｄＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＡｍｅｎｔｏｔａｘｕｓａｒｇｏｔａｅｎｉａ （Ｈａｎｃｅ）Ｐｉｌｇｅｒ １ １ ２ １ １ ＷＡＮＧＳｈｕａｉ，ＳＨＡＯＦｅｎｊｕａｎ，ＬＩＬｕｎ，ＬＵＱｉａｎｇ，ＱＩＵＤｅｙｏｕ （１．ＴｈｅＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ　１０００９１Ｃｈｉｎａ； ２．ＧｕａｎｇｘｉＧｕｉｌｉｎＸｉａｏＬｕＳｈａｎＥｃｏｌｏｇｉｃａｌＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅＣｏ．Ｌｉｔ，Ｇｕｉｌｉｎ　５４１２０５，Ｇｕａｎｇｘｉ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］ＴｈｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｏｆＡｍｅｎｔｏｔａｘｕｓａｒｇｏｔａｅｎｉａ（Ｈａｎｃｅ）ＰｉｌｇｅｒｏｆＡｍｅｎｔｏｔａｘｕｓｉｎＴａｘａｃｅａｅ ｗａｓｓｅｑｕｅｎｃｅｄａｎｄａｎａｌｙｚｅｄｆｏｒｉｔｓｔｅｒｐｅｎｏｉｄｂｉｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃｐａｔｈｗａｙａｎｄｔａｘｏｎｏｍｙｒｅｓｅａｒｃｈ．［Ｍｅｔｈｏｄ］Ｔｈｅｔｒａｎ ｓｃｒｉｐｔｏｍｅｏｆｔｈｅｍｉｘｔｕｒｅｏｆｓｔｅｍａｎｄｌｅａｖｅｏｆＡ．ａｒｇｏｔａｅｎｉａｗａｓｓｅｑｕｅｎｃｅｄｂｙｕｓｉｎｇＨｉＳｅｑ２５００．［Ｒｅｓｕｌｔ］８．１４Ｇｂ ｃｌｅａｎｄａｔａｗａｓｏｂｔａｉｎｅｄｆｒｏｍｔｈｅｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｏｆＡ．ａｒｇｏｔａｅｎｉａ．８２８８４ｕｎｉｇｅｎｅｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄａｎｄ２７４９５ｕｎｉｇｅｎｅ ｗｅｒｅａｎｎｏｔａｔｅｄｕｓｉｎｇｔｈｅｓｉｘｐｕｂｌｉｃｄａｔａｂａｓｅｓ．Ｂｅｓｉｄｅｓ，２８２７ＳＳＲｓｗｅｒｅｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄｆｒｏｍｔｈｅ８２８８４ｕｎｉｇｅｎｅ．Ｔｈｅ ｍｏｓｔａｂｕｎｄａｎｔｔｙｐｅｏｆｒｅｐｅａｔｍｏｔｉｆｗａｓｍｏｎｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ（６０．１％），ｆｏｌｌｏｗｅｄｂｙｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ（２５．４％）．Ａｍｏｎｇ ｔｈｅｕｎｉｇｅｎｅｓｏｆＡ．ａｒｇｏｔａｅｎｉａ，ｏｎｅｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｇｅｎｅｏｆｇｅｒａｎｙｌｄｉｐ