从氨基酸序列预测蛋白质折叠速率-生物化学与生物物理进展.PDFVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2010, 37(12): 133 1~ 1338 氨基酸序列预测蛋白质折叠速率* ** 郭建秀 饶妮妮 刘广雄 李 杰 王云鹤 ( 电子科技大学生命科学与技术学院，成都610054) 摘要 蛋白质折叠速率预测是当今生物物理学最具挑战性的课题之一 近年来，许多科研工作者开展了大量的研究工作来探 索折叠速率的决定因素，许多参数和方法被相继提出 但氨基酸残基间的相互作用、氨基酸的序列顺序等信息对折叠速率的 影响从未被提及 采用伪氨基酸组成的方法提取氨基酸的序列顺序信息，利用蒙特卡洛方法选择最佳特征因子，建立线性回 归模型进行折叠速率预测 该方法能在不需要任何(显示)结构信息的情况下，直接从蛋白质的氨基酸序列出发对折叠速率进 行预测 在Jackknife 交互检验方法的验证下，对含有99 个蛋白质的数据集，发现折叠速率的预测值与实验值有很好的相关 性，相关系数能达到0.81，预测误差仅为2.54 这一精度明显优于其他基于序列的方法，充分说明蛋白质的序列顺序信息是 影响蛋白质折叠速率的重要因素 关键词 蛋白质折叠，折叠速率预测，伪氨基酸组成，蒙特卡罗方法 学科分类号 Q612，Q51，Q811.4 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2010.00380 蛋白质是一类重要的生物大分子，是生命活动 相继提出 现有的预测方法大致可以分为三大 [7-8] [9-15] 的主要承担者，在生物体内占有特 的地位 每种 类 一类是基于三 结构的预测方法 ，如接 蛋白质分子都有自己特有的氨基酸组成和排序，只 触序CO[9] 、长程序LRO[10] 、总接触距离TCD[11] 有当这种氨基酸链折叠形成正确的三维空间结构才 然而，要得到这类方法所必须的三 结构信息，仍 能具有正常的生物学功能 错误的折叠不仅会丧失 需要进行大量花费高、周期长的分子实验，无法达 其生物学功能，甚至会引起疾病，如疯牛病、 到快速预测的目的 第二类是基于二 结构的预测 [1] [16-20] [16] [17] Alzheimers 综合症 等 蛋白质折叠问题，是分子 方法 ，如二 结构含量SSC 、有效长度Leff . 生物学中心法则尚未解决的一个重大生物学问题， 而这类方法所需的二 结构信息，要么和第一类方 被列为21 世纪生物物理学的重要课题 研究蛋白 法类似，由分子实验得到，要么从一 序列预测得 质折叠不仅具有重大的科学意义，而且在医学和生 到，而这种逐 预测方法的预测精度将会受到二 物工程领域具有极大的应用价值，如工业用酶、农 结构预测精度的限制 第三类是基于一 序列 [21-30] [22] [25] 药、医药的合理化设计等 的预测方法 ，如长度 L 、组成信息 CI 、 揭示蛋白质的折叠机理是一项具有挑战性的工 Fold-Rate [26] 、N [27] 、QRSM[28] 这类方法绕过了结 作，其中重要的一项任务便是确定折叠速率的决定 构预测，能直接从氨基酸序列出发预测蛋白质的折 因素 尽管这一答案可以从各种生物实验中找到， 叠速率，但这类方法在一定程度上仍需要知道部分 [2-6] 结构信息，如结构分类信息 有关现有预测方法更 如各种光谱技术、质谱和核