用ENDEAVOUR软件鉴定肥胖症致病基因GAD2.pdfVIP

第 28卷 第 10期 计算机与应用化学 Wo1．28，No．10 2011年 10月 28日 ComputersandAppliedChemistry October，2011 用ENDEAVoUR软件鉴定肥胖症致病基因GAD2 张焕萍 ，张小白 (1．南京林业大学机电学院，江苏，南京，210037； 2．南京航空航天大学 自动化学院生物医学工程系，江苏，南京，210016) 摘要：鉴别复杂疾病致病基因对于治疗和预防疾病作用非常重要，致病基因预测软件是鉴别致病基因的有效工具。位于染色体 10p12的基因GAD2是尚有争议的肥胖基因，许多研究者用实验方法研究基因GAD2，却得出了不一致的结论。基于生物计算 的致病基因预测软件能弥补实验的不足，已成为揭示疾病发病机理和预测致病基因的有效途径，本文采用ENDEAVOUR软件来 验证基因 GAD2是否为肥胖症致病基因，该软件运用多种生物数据，根据每一个候选基因与已知致病基因的相似程度以排序， 结果在 35个候选基因中，基因 GAD2排在最前面，表明基因 GAD2最可能是肥胖症致病基因。预测结果有利于重新解释基因 GAD2的生物功能，促使肥胖症药物的研制及治疗水平的提高。 关键词：致病基因；肥胖症；预测软件 中图分类号：TP391．9；Q8l1．4 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2011)10-1244—1248 1 引言 鉴别基因GAD2是否与肥胖症相关。该软件运用多种生 物数据，通过计算相似性对候选基因排序，本文计算结 从人类全基 因组中找出与疾病相关的基 因，对于预 果表 明，基因GAD2是肥胖症致病基因的可能性 比其它 测和治疗疾病有重要的作用，传统的基于系谱分析的连 候选基因大。 锁分析和相关分析都需大量收集家系资料或患者群体资 料LI】，实验费时费力，有时还会得出不一致的结论。基于 2 原理与方法 生物计算的致病基因预测方法克服了传统实验收集样本 预测软件大都是基于相似性算法，即相似的表型是 成本高等不足 ，已成为致病基因预测的有效方法，许多 由于其基因之间具有相同或相关的功能，同一疾病或生 致病基因预测软件更有利于致病基 因挖掘。后基因组时 物过程 中的基因比基因组的其它基因更相似，可以是序 代产生的大量生物数据，如基因序列、蛋 白质相互作用 列相似或功能相似，或细胞 内的相互作用等等 ，每个软 数据、基因表达数据等大大提高了疾病基因预测软件的 件的不同之处在于如何计算相似性及所用的算法，软件 功能l2】， 目前已有多种致病基因预测软件如 G2DL3】、 中常用的数据有文本数据、基因表达数据、序列数据、 GeneWanderer4【]、PROSPECTR[ 、SUSPECTS[ 、 相互作用数据、基因本体数据等。 TOM [ Endeavour[8_9J、GF1NDer[ GeneSeeker[“、 、 、 2．1 ENDEAVOUR软件 POCUS】【等，运用这些软件进行生物分析已成为揭示疾