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高效液相色谱_串联质谱检测基因组DNA甲基化方法的建立
高效液相色谱-串联质谱检测基因组DNA甲基化方法的建立张航1,2，胡俊杰2，汤瑞华2，叶金波2，任晓虎2,胡韬2，黄培武1,2，杨细飞2，黄海燕2，刘建军21.深圳大学生命科学学院，广东深圳518060；2.深圳市疾病预防控制中心现代毒理学重点实验室，广东深圳518055［摘要］目的：建立高效液相色谱-串联质谱（HPLC-ESI-MS/MS）检测基因组DNA甲基化水平的方法。方法：以5-mdC和dG为标准品，采用全自动高效液相色谱系统进行分离，串联电喷雾质谱检测，选择多反应监测模式（MRM）测定标准品，绘制标准工作曲线。结果：在MRM模式下选取5-mdC（m/z241.9→126.3）和dG（m/z268.1→152.3）分别作为定量检测的母子离子对，各化合物能实现良好的基线分离；5-mdC和dG碰撞能均为15eV，去簇电压分别为40和45V，最低定量限分别为1.65和2.47fmol；标准品的响应值比为90%~110%；5-mdC含量的天内相对标准偏差和天间相对标准偏差均小于8%。结论：HPLC-ESI-MS/MS是能应用于检测基因组DNA甲基化的一种高通量、高准确率、高分辨率、高灵敏度且重复性好的方法。［关键词］高效液相色谱；串联质谱；DNA甲基化［中图分类号］Q503［文献标识码］A［文章编号］1009-0002（2014）04-0537-05EstablishmentofHPLCCoupledwithTandemMassSpectrometryforGenome-WideDNAMethylationDetectionZHANGHang1,2,HUJun-Jie2,TANGRui-Hua2,YEJin-Bo2,RENXiao-Hu2,HUTao2,HUANGPei-Wu1,2，YANGXi-Fei2,HUANGHai-Yan2,LIUJian-Jun2*1.CollegeofLifeScience,ShenzhenUniversity,Shenzhen518060;2.KeyLaboratoryofModernToxicologyofShenzhen,ShenzhenCenterforDiseaseControlandPrevention,Shenzhen518055;China*Correspondingauthor,E-mail:bio-research@［Abstract］Objective:Toestabilishhighperformanceliquidchromatography（HPLC）coupledwithtandemmassspectrometry（HPLC-ESI-MS/MS）forgenome-wideDNAmethylationdetection.Methods:5-mdCanddGwereusedasthestandard.HPLCsystemandelectronicspraywereusedtoseparateanddetectthestandardatmulti?plereactionmonitoring（MRM）mode;thenthestandardworkingcurvewasgeneratedbythedataobtained.Re?sults:The5-mdC（m/z241.9→126.3）anddG（m/z268.1→152.3）werechosenasparentandchildionpairsforquantitativedetectionatMRMmode.Agoodbaselineseparationcanbeachievedforthecompounds.Thecollisionenergyofboth5-mdCanddGwas15eV,andtheclustervoltagewas40and45V,respectively.TheDNAmeth?ylationrateof5-mdCanddGwas1%undertheminimumquantitativelimit.Thelimitofquantitationof5-mdCanddGwas1.65and2.47fmol,respectively.Theresponsevaluesof5-mdCanddGstandardsrangebetween90%and110%.Theintra-andinter-dayprecisions（RSD）of5-mdCwerelessthan8%.Conclusion:HPLC-ESI-MS/MSwithhigh-throughput,highsensitivity,highaccuracyandgoodrepeatabilitycanbeusedtomeasureDNAmethyl
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