植物遗传作图的方法和软件研究.pdfVIP

ofthe on 海南生物技术研究 Froceedings Workshop Research＆DevelopmentofBiotechnology 与发展研讨会论文集 inHainan，31July--1August,2006，Sanya,China 2006年7月31日一8月1日，中国，三亚 植物遗传作图的方法和软件 张雪丽张淑玲巩鹏涛’ 海南省热带农业资源开发利用研究所，三亚，572025 +通讯作者，hitar@hitar．org 摘要遗传作图一直是遗传学研究的热点，随着计算机技术和智能算法的发展，出现了多种多样的 植物遗传作图软件。本文简要介绍了遗传作图的3个步骤——位点分群、位点排序、距离估算，以及此 3个步骤的具体操作与注意事项等，同时概括了几种作图软件及其优缺点，以供参考。 关键词 位点分群，位点排序，距离估算，作图软件 MethodsandSoRwaresinPlantGenetic Mapping Xueli Zhang Pengtao’ ZhangShulingGong I Institute Hainan ofTropicalAgriculturalResource,Sanya，572025 ‘Correspondingauthor。hitar@hitar．org AbstractGenetic isacorein numberofsoRwareswere to in mapping genetics．A developedapplyplant and withthe of scienceintellectual in geneticmapping computer algorithm．Threestepsgenetic development distancecalculationaswellaSthemeritsand mappingprocedures．i．e．10cusgrouping,locusordering,and ofseveral soRwareswereevaluatedinthis shortcomingspopularmapping paper． Locus software Keywordsgrouping，Locusordering，Distancccalculation，Mapping 多位点的遗传作图可以分成3个问题：分群、排序和距离估算，其中的排序问题是整个遗传作图 的焦点所在。连锁作图问题像其它具核心性的形式化复杂度的问题一样，一直保持着它的理论吸引 力。对异型杂交和同源多倍体系统来说，作图的软件工具仍十分缺乏。目前的研究热点也转移到种间 的图谱比较和利用遗传图谱构建物理图谱框架上。 两个位点之间的连锁关系是由～次减数分裂过程中他们交换的可能性决定的。我们列表分析在 这些位点上不同基因型的组合，接着为这些组合观测到的频率的可能性寻找一个最大似然值，参考最 大似然法(Liu，1998)，通过一个函数的作图功能就可以计算出距离。据此我们就可以确定这些位点的 连锁群及它们在连锁群上的相对位置。有些情况下，我们也可以使用不同杂交设计的多套数据进行图 谱构建，不过前提是它们有一些共用标记。 1位点分群 分群是遗传作图的数据处理的第一步。在分群中，我们要在设立许可条件的情况下把所有的候选 位点数据进行“group”分析。许可条件的设立在很大程度上影响分群的连锁群的数目和大小。在许可 limit 条件的设立中如LOD(10wer