水稻PSM标记的发展及抗虫基因的分子定位研究.pdfVIP

摘要 水稻是世界上最重要的粮食作物之一，为世界近一半人口提 供食物来源。水稻微卫星图谱的构建有利于遗传基础的研究及分 子育种。本研究通过发展位置特异性微卫星标记，对微卫星标记 进行了图谱的整合，并利用微卫星等标记对水稻抗稻瘦蚊基因 Gm和‘抗褐飞虱基因Bph3进行了分子定位。主要研究结果如下: 1利用网上公布的序列信息进行位置特异性微卫星引物的设 计和微卫星图谱的整合。共发展了198个PSM标记，有105个标 记的基序为 重复，占53.3%，绝大多数标记 (98.0%)的重 复序列长度在20bp以上。将原有微卫星标记和本实验发展的PSM 标记整合到RGP遗传图谱上，整合后总的SSR标记数为718个， 新图谱的遗传距离总长度为1527.2cM，平均标记密度为每2.13cM 有一个SSR标记，其中第1染色体的标记最密 ((1.73cM/个)，而 第 11染色体的标记密度最低 (3.32cM/个)。将本研究发展的微卫 星图谱与IRMI发表的高密度微卫星进行了比较，结果显示本研究 发展的微卫星图谱标记分布比较均匀，只有 3个区域标记间遗传 间距在lOcm以上，5个区域在8-10cm，而IRMI微卫星图谱分别 有 17和12个。 2 采用G2417-2-1X抗蚊青占(239株)和G3004-4X抗蚊青 占(243株)两个F:作图群体对水稻抗稻姿蚊进行了分子定位， 并对该基因区域进行物理作图.利用两个SSR标记 (RM348和 RM255)和一个STS标记 (RG476/ScaI)将Gm6基因初定位在 第4染色体的长臂上，然后利用网上公布的序列信息在附近设计 高密度的位置特异微卫星标记，对Gm6基因作精细定位，将其定 位在PSM112和PSM114两标记之间，遗传距离为0.4cM的区域 内 另有PSM101,PSM106和PSM115三个标记与Gm6基因完全 连锁。筛选出两个BAC重叠克隆AL606645和AL606660用于Gm6 基因的物理作图，利用这两个克隆上有多态的位置特异微卫星标 记将该基因限定在大约158kb的物理区域内。 3 利用RHx七丝软占F:作图群体对水稻抗褐飞虱基因 Bp”进行分子定位。根据F3株系表型鉴定结果，从F2作图群体的 237株中选出27株抗感极端株用于Bph3基因的分子定位。选择第 4染色体上具有多态性的微卫星标记对该基因进行连锁分析，发现 两个标记RM261和RM119与助h3的遗传距离均为8.0cm。在这 两标记之间的区域内发展位置特异微卫星标记，两个新发展的微 卫星标记PSM323和PSM194与毋h3基因的遗传距离分别为 8.OcM和3.8cM。因而Bph3基因被定位在第4染色体长臂上 PSM323和PSM194两标记之间。 关键词:水稻，微卫星标记，稻澳蚊，褐飞虱，基因定位， 物理作图 缩写词及其英汉对照 BAC bacterialartificialchromosome 细菌人工染色体 by basepair 碱基对 cM centimorgan 厘摩尔根 CTAB cetyltrimethylammoniumbromide 十六烷基三甲基澳化钱 dNTP deoxyribonucleosidetriphosphate 脱氧核糖核昔三磷酸 EDTA disodiumethylenediaminetetra-acetate 乙二胺四乙酸二钠 EST expressedsequencetags 表达序列标签 Kb kilobases 千碱基对 MAS marker-assistedselection 分子标记辅助选择 mg milligram 毫克 ml millilitre