环肽与手性药物分子形成的包合物的理论研究.docVIP

精品论文 参考文献 环肽与手性药物分子形成的包合物的理论研究 河南省驻马店卫生学校（463000） 赵红鸽 朱艳艳 唐明生 【摘要】本文用密度泛函方法在B3LYP/6-31G（d，p）水平下第一次研究了环十肽与利胆醇对映体的包接作用，对利胆醇进入环十肽洞穴的几乎所有可能的位置都考虑了，从而得出了它们的最稳定的包合物结构。从优化后的结构和结合能可以看出CDP/S-PP 比CDP/R-PP 更稳定。计算结果表明环肽是一种很好的能与手性小分子形成包合物的主体分子。 手性识别是化学领域中最富有吸引力的现象之一。它在分析化学、有机化学和生物化学方面尤其重要，因此，寻找有效的主体分子一直是化学家研究的方向。近年来，环肽已经被合成出来做主体分子与一些生物活性物质组成包合物，用在抗癌药、抗菌药和酶抑制剂。尽管实验上已广泛的用环肽做主体分子对手性药物分子进行了拆分，但是人们还是很少从原子水平上去研究它的原理。因此对环肽和手性药物分子的研究将会更好的理解主客体的包合作用，并阐明在生物受体中的手性识别过程。本论文采用密度泛函理论研究了环十肽和手性药物分子利胆醇的包合过程。 主体分子环十肽（CDP）是由十个相同的琢-氨基乙酸构成的，它的大的洞穴结构可以使小分子通过非键作用包接在里面。客体手性分子利胆醇（PP）有两个不同的对映体，它能促进胆汁分泌，排除结石和降低胆固醇。实验上已经实现了利胆醇的拆分，但分离效果不是太好。 【关键词】密度泛函理论环肽利胆醇包合物手性识别 1 计算细节 本章选取了环十肽cyclic decapeptide（CDP）作为主体分子，利胆醇1-phenyl-1-propanol（E-PP）作客体分子。CDP的初始结构构建方法在报导中已经提过[1]。我们选择的主体环十肽是E 型结构，因为根据文献报道当氨基酸残基数等于或大于10 的时候倾向于最稳定结构是E 型[2]。为找出主客体之间最稳定的构型，我们特采用了以下办法寻找[3]。先把主体分子的环状结构对称的放在Z 轴上，那样主体分子上所有的氧原子和氮原子都位于XY 平面上。再把客体小分子利胆醇放在Z 轴上，让客体分子沿着手性C 原子和苯环之间的轴进入主体的洞穴。这样在进入的过程中不同的位置和角度就产生了很多的初始结构，于是从-180毅到180毅每隔20毅，沿着Z 轴从-7粤园到7粤园每隔0.3粤园进行扫描，这样就会产生出18个势能面，然后再选择每个势能面中能量的最低点的结构先都采用B3LYP/3-21G 方法进行优化[4，5]，然后在这些优化后的结构中找到一个能量最低的结构再用B3LYP/6-31+G**进行优化从而得到最稳定构象。所有的计算均采用GAUS原SIAN 03 程序[6]。 图1.1 （a）环十肽的构型和（b）利胆醇的构型 2 结果和讨论 2.1 寻求能量最低点。对于两个不同的客体分子来说，通过对不同角度、不同距离扫描得到了两种不同的势能面。势能面如下图2.1 所示： 图2.1 S-PP 进入CDP 过程中扫描得到的势能面 图2.2 R-PP 进入CDP 过程中扫描得到的势能面 从图中可以看出，S-PP 和R-PP 对映体进入CDP 的过程都是能量降低的趋势，这对于小分子进入主体大环是有利的因素。另外我们还从图中可以看出，在势能面上能量的最低点大约都在Z=0粤园附近，也就是说主客体结合的能量较低的结构大约都是在大环的中心，对于这些势能面上的能量最低点的结构，我们先用B3LYP/3-21G 方法进行了优化，然后再对图中得到的能量最低点用6-31+G（d，p）基组优化得到最稳定结构。 2.2 包合物的能量。对包合物最稳定结构计算了一下结合能（BE）及用BSSE 矫正后的结合能，计算结果如下表所示：表2.1 分别用B3LYP/3-21G 方法和B3LYP/6-31+G（d，p）方法计算的CDP/S-PP 和CDP/R-PP 的结合能及BSSE 矫正后的结合能。 从表中看到CDP/S-PP 用BSSE 矫正之后的结合能是-19.94kJ mol-1，而CDP/R-PP 的结合能是-10.54kJ mol-1。从数值上可以看出BE 都是负值，由此可以判断出环肽与利胆醇对映体都能形成稳定的包合物，同时它们又有能量上的差别。相比而言，CDP/S-PP 的结合能数值更负因此S-PP 与CDP 形成的包合物，其能量更低，更稳定。 2.3 包合物的构型特点。用B3LYP/6-31+G（d，p）方法优化后的包合物的稳定结构如