超级杂交水稻基因组研讨.pdf

超级杂交水稻基因组研究 唐家斌 (中国科学院遗传与发育生物学研究所，北京，100101) 摘 要 中国超级杂交水稻基因组计划的研究目标是利用全基因组鸟枪法完成 超级稻两优培九的亲本基因组测序。本文报道了超级杂交稻两优培九的父本 (93-11)的基因组序列草图。整个基因组草图全长466Mb，大约覆盖了92%的水 稻基因;其中，42.2%的水稻基因组序列是以20个碱基为单位的重复序列:绝 大多数转座子是位于基因的间隔区;同时，本研究还发现水稻基因的编码区普遍 存在GC含量梯度现象以及在水稻釉、粳亚种基因组序列之间存在明显的差异。 水稻基因组序列草图的完成，可以促进水稻基因芯片的研制。本研究利用水 稻芯片构建了超级杂交稻两优培九及其亲本在不同发育时期和组织器官的基因 表达谱，结果发现:杂交稻两优培九的基因表达主要趋向于父本93-11的基因表 达丰度，这与两优培九株叶形态的真实表型是基本一致的。通过对水稻营养器官 和幼穗组织的大规模EST测序分析，其结果表明，在幼穗组织中，与新陈代谢、 细胞生长以及与转录相关的基因均处于高丰度表达而与光合作用相关的基因却 处于低丰度表达。根据己知基因的相关功能，鉴定出在幼穗组织中特异表达的部 分基因，这些基因的表达反应了幼穗组织在特定发育阶段所具有的特殊功能。 本研究利用全基因组鸟枪测序所得数据，重新组装了杂交稻亲本 (93-11和 培矮64S)叶绿体基因组，其长度分X11为134,496by和134,551by。利用PCft 技术和限制性酶切方法验证了序列组装的正确性。在93-11与培矮64S叶绿体基 因组序列之间，共检测到72个SNPs和27个工nDels，其中还包括一些突变热点 区域。通过大量的数据分析发现，在叶绿体基因组的多态性位点中，主要存在有 两种类型，野生型和突变型。本研究统计了每个多态性位点的野生型和突变型频 率。就整体水平而言，在93-11与培矮64S叶绿体基因组序列之间的SNPs和 工nDels两种多态性频率分别为0.05%和0.02%，大约比釉、粳亚种核基因组之 间的SNPs(0.43%)和InDels(0.23%)多态性频率低8到10倍。根据叶绿体基 因组与核基因组之间存在的同源序列，我们推测，在生物进化过程中，叶绿体基 因组与核基因组之间经常存在遗传物质的交流。同时，本研究首次提出了亚种间 和品种内叶绿体基因组多态性的概念，并揭示了其变异规律，纠正了前人对水稻 叶绿体基因组序列中存在的错误。 关键词:基因组 基因芯片 EST 表达谱 叶绿体 StudyonSuper-hybridRiceGenome JiabinTang Directedby Prof.HuanmingYang Prof.LihuangZhu Prof.JunYu InstituteofGeneticsandDevelopmentalBiology,ChineseAcademyofSciences Abstract OneofthegoalsintheSuper-hybridRiceGenomeProjectrecentlycarriedout attheBeijingGenomicsInstitutewastosequencetheparentalgenomesofa super-hybridricecultivar,Liang-You-Pei-Jiu,orLYP-9bythewholegenomeshotgun sequencing.ThematernalandthepaternalvarietiesofLYP-9arePA64Sand93-11, respectively.Inthisstudy,wehaveproducedadraftsequenceofthepaternalgenome (93-11),OryzasativaL.ssp.Indica.Thegenomewas466megabasesinsizeandits f