化学信息学3.pptVIP

第三章 化学数据库和数据资源;3.1 基本数据库理论; 3.1.1 信息系统中的数据库;用户;数据库; 3.1.2 搜索引擎;※ 采用“限制符”的基本检索工具;3.1.3 访问数据库（在线或本地）;3.2 数据库分类;3.2.1 文献数据库;3.2.2 事实数据库;化合物目录数据库 ;3.2.3 结构数据库; 化学文摘数据库 化学文摘社(CAS)的化学文摘(CA)文件主要对化学、化学工程和生物化学进行文章摘要和索引，它包含会议记录、技术报告等专题(从1907年起)、综述、会议摘要、电子刊物、网络报告、国际刊物和专利。 该数据库覆益了所有的化学信息，并用不同的主机提供提供服务：DIALOG, Dalastar Quested-Orbit, STN International和专门的SciFinder。 从1907年到2003年3月，文献目录数据包含2干多万个记录。并且以每周14000条的速度更新。 ; Scifinder Scholar (CA网络版) ; SCISEARCH SCISEARCH包含文献目录引用(连接)到发表文章，数据库表示电子在线版的扩展科学引用索引(SCI)和ISI(Institute for Scientific Information)内容，5900多个科学技术刊物被包含在20000万多条记录的数据库(2002年10月)，可以完成文献目录数据检索，同时包括被引用的作者和发表的文章。 / ; Medline Medline包括主要的生物医药文献，包含1958年以来4600种刊物上的文章的13000万余引用(2002年10月)。数据库覆盖基础生物医学研究，临床科学、牙医、药学、兽医学、临床前科学和生命科学。 Medline是PubMed的子集，由美国国家医学库(NLM)建立的文献目录数据库，数据库对SdFinder Scholar或PubMed可以免费获取。 http://www.M/;Beilstein数据库;Gmelin; Gmelin数据库中大的数据分类有： 鉴别标识，包括材料组成和结构数据； 化学性质，包括行为，制备和反应细节； 电化学数据； 电的、磁的、机械的、分子的、光学的性质； 溶解度和在溶液中的蒸气压； 分光度数据； 热力学数据； 量子化学计算； 配体检索：可得到具有同一配体环境的所有配位化合物。 ;DETHERM数据库;波谱数据库－Specinfo; Specinfo具有如下特征： 具有结构编辑器和波谱显示； 可检索确定结构、子结构、名称、分子式和分子量范围； 波谱相似性检索； 预测NMR化学位移( 1H-, 13C-, 19F-, 31P-NMR) ； 显示物理数据、CAS登记号、实验条件； 可缩放显示和打印波谱。 该数据库有一些附加的命令和检索域，以指导检索特定的波谱数据，比如峰和多重性检索。 Specinfo还具有一个附加的工具，用于计算NMR谱，它基于数据库中的已知数据．对于库中已有的结构类别，可得到相当可靠的计算波谱参数。;晶体结构数据库;晶体按晶格结构可分为七个晶系 ; 从小分子到大分子（尤其是蛋白质和核酸）的晶体结构可分别从下面的三个晶体结构数据库中找到： 剑桥晶体数据库（CSD）； 无机晶体结构数据库（ICSD）； PDB（Protein Data Bank ）。 ;ICSD（无机物晶体结构数据库）;CSD （有机晶体结构数据库）;;PDB;oncogene protein;分子生物学数据库;BIOSIS;oncogene protein;GenBank;EMBL;PIR;oncogene protein;SWISS-PROT;化学反应数据库;CASREACT;Cheminform RX;专利数据库;※ 专利文档中包含的信息主要有： 条目信息; 综述（摘要），有时提供示意图； 描述（说明书）； 专利声明（权利要求）； 实例;※ 专利数据库结合了事实、文本、图、表和化学结 构，因而是综合性数据库。 ※ 在化学方面的专利中，化合物常用Markush结?? 来表示。 ※ 专利对于那些要保护他们的研究成果的公司是非 常重要的。 ※ 在工业界，新事物总是首先以专利形式公布。;著名的专利数据库示例;INPADOC;WPINDEX;MARPAT;本 章 完;※ 化合物结构的Markush标记法;; M