球状蛋白质分子中氨基酸紧密接触对性质的研究.pdfVIP

维普资讯 第 2期 高 分 子 学 报 NO．2 2003年 4月 ACTA POLYMERICA SINICA Apr．，2003 球状蛋 白质分子 中氨基酸紧密接触对性质的研究 陈 进 李 靖 章林溪 姜舟婷 夏阿根 叶高翔 赵得禄 (浙江大学物理系 杭州 310028) (中国科学院化学研究所分子科学 中心 北京 100080) 摘 要 采用 CSU软件 (Contactsofstructuralunits)，对 61种球状 蛋 白质分子 中氨基酸 紧密接触对 (Residue- residuecontact)进行 了研 究 ．重 点研 究 了不 同氨基酸在形成远程 紧密接触对 (Long-rangecontact)和近程 紧密接 触对 (Short-rangecontact)时的不 同能力 ．发现氨基酸 Leu，Val，lie，Met，Phe，Tyr，Cys，Trp(疏性氨基酸 ，H)比较容 易形成远程紧密接触对 ，氨基酸 Glu，Gin，Asp，Asn，Lys，Ser，AIg，Pro(亲水氨基酸 ，P)比较难形成远程紧密接触 对 ，而氨基酸 Ah，Gly，Thr，His(中性氨基酸 ，N)在形成远程紧密接触对时能力一般 ．它们平均每个氨基 酸可形 成 6．03，3．64和 4．43个远程紧密接触对 ．同时它们在形成近程紧密接触对时能力非常接近 ，平均每个氨基酸 可形成 的近程紧密接触对数 目在 2．34～2．85变化 ，差别非常小 ．亲水氨基 酸 (P)，中性氨基酸 (N)和疏水性氨 基酸 (H)在蛋 白质分子结构稳定性上起着不 同的作用 ． 关键词 球状 蛋 白质 ，紧密接触对 ，CSU软件 ，折叠 球状蛋 白质是一类非常普遍 的蛋 白质 ，它 的 特点是蛋 白质分子非常紧密 ，内部空间的绝大部 分被原子所充满 ，体系的能量来源于氨基酸与氨 基酸 的紧密接触对 的作用 (Residue．residuecontact) (见图 1)…，因此研究氨基酸与氨基酸 的紧密接 触对 的相互作用在研究球状蛋 白质结构和稳定性 时显得特别重要 ．Miyazawa和 Jemigan首先研究 了 球状蛋 白质分子 中氨基酸与氨基酸 的紧密接触对 的相互作用 1．我们也研究了氨基酸与氨基酸 的 Fig．1 A configuration0fproteinmolecule．Manyresiduescall form long-rangeandshort-rangecontactsin DhIlarprotein． 紧密接触对 的相互作用 ，建立 了新 的蛋 白质格 点 模型．HNP格 点模型H ．最 近 Gromiha和 Selvaraj开 作用就非常强的，也应该算是形成紧密接触对 ．因 始研究氨基酸紧密接触对在蛋 白质折叠过程 中所 此仅仅考虑 c一c 之 间的距离是不够 的．Sobolev 起 的重要作用 ，我们也研究 了不 同的氨基酸 等在研究紧密接触对 时考虑 了各种 因素 ，开发 了 在形成紧密接触对能力 的差异 ．但是这些研究 CSU(Contactofstructuralunits)软件 ．这里我们采 的最大 问题是在研究紧密接触对 时仅仅考虑 了二 用 CSU软件来研 究不 同氨基酸在形成紧密接触 个氨 基 酸 中 的 c一c 距 离 (氨 基 酸 中直 接 与 对能力的差异 ，来揭示亲水氨基酸 (P)，中性氨基 一 COOH相连 的碳原子称为 C )，即如果 R t 酸 (N)和疏水性氨基酸 (H)在形成远程紧密接触 尺 ，就形成一个紧密接触对 ，其 中