中程、长程相互作用对于辨别球状蛋白质和膜蛋白质的作用.docVIP

中程、长程相互作用对于辨别球状蛋白质和膜蛋白质的作用 M. Michael Gromihaa, S. Selvarajb a日本,茨城 305-0074, Tsukuba，3-1-1 Koyadai，物理化学研究所(RIKEN)， RIKEN Tsukuba学会 b印度, Tamil Nadu, Tiruchirapalli 620024 ，印度大学， 物理[学] 收到日期：2000年11月20日 发表日期：2001年3月27日 摘要 蛋白质结构里的残基之间相互作用的分析为我们了解他们的折叠和稳定性提供相当多的洞察力。我们先前已经分析了球状蛋白质的折叠过程中中、长程相互作用的作用。在这次的论文中，我们研究在薄膜蛋白质三维结构中的中、长程相互作用的截然不同的作用。 我们观察到在TMH区段里有较多的长程接触对,这意味着这些接触对在螺旋–螺旋相互作用的稳定性方面起着重要的作用。相较于球状蛋白质的全(类型，TMS蛋白质有稍微多的长范围接触对，这显示了TMS蛋白质里更密集的束状填塞。在TMH蛋白质的膜跨越区段中，形成中程接触对的残基数目是形成长程接触对的1.3倍；然而在TMS 蛋白质里，形成长程接触对的残基数目是形成中程接触对的14倍。残基-方式的分析指出，对照于球状蛋白质的全(类型，在 TMH 蛋白质里，残基Cys，Glu，Gly，Pro，Gln，Ser和 Tyr形成的长程接触对比中程接触对多。全(蛋白质里的带电残基对有更多的中程接触对，而在TMH蛋白质里疏水性残基对占优势。残基对形成中范围接触对的概率的这个知识已经成功地用于辨别TMH蛋白质和全(蛋白质。我们通过TMH和TMS蛋白质模板的随机结构证明了从这次研究获得的结果的统计意义。 关键字：螺旋区段和束状区段；中程和长程；膜蛋白质；残基接触对；三维结构 1介绍 在最近二十年期间， 我们一直目睹膜蛋白质领域中令人兴奋的进步。由解决几个横跨膜的螺旋状[1-8]水晶结构和横跨膜的线状[9-14]高分辨率蛋白质带来的的成就，膜蛋白质结构领域的特性特征被很好地理解。由横跨膜片段的β-线状组成的、外部薄膜蛋白质的薄膜装配。由于膜内的许多丰富的和极性的残留物的干涉，薄膜装配比横跨膜的螺旋状蛋白质更复杂。 基于膜蛋白质的三维结构，几次调查已经完成。例如分析：在膜环境里的脯氨酸残基[15,16],在外周胞质和细胞质环里的氨基酸成分[17],在膜蛋白质里的色氨酸残基的重要性 [18],膜蛋白质氨基酸残基的疏水性分布状态和空间安排[19]，以及在确定膜蛋白质的第二结构过程中氨基酸的重要性[20]。同样地，也已经调查了：在油脂双分子层里的螺旋形-螺旋形相互作用[21],膜蛋白质潜在的装配和稳定性的影响力[22]，以及突变数据基质[23]。此外，有人已经提议用多样的理论方法来预言螺旋状的横跨膜[24-30]、线状区段[31-35]，以及利用分子动力学的横跨膜蛋白质的模型[36]。 Tanaka和Scherage[37]将蛋白质交互作用分类为短程、中程和长程，并基于这些相互作用提出了一个三维机制的蛋白质折叠假说。最近，按照在多缩氨基酸的残基之间的分离距离，这些短程、中程和长程相互作用已经被分类了。这种分类已经成功地从事于蛋白质折叠和顺序识别的问题[38，39]。在我们之前的工作中，我们已经分析了中程、长程相互作用在下面两种折叠中的作用：不同结构类型的球状蛋白质的折叠[38，40]以及残基-残基接触对的不同折叠[41-43]。与球状蛋白质不同，作为横跨膜螺旋状蛋白质和横跨膜束状蛋白质的膜装配，理解这种相互作用在膜蛋白质的不同作用是非常重要的。在这次的工作中，我们探索中程、长程相互作用对膜蛋白质残基之间的距离的影响，并且将结果与球状蛋白质进行比较。更进一步地，在全α蛋白质和横跨膜蛋白质中成对构成中程、长程的残基对中，比较优先考虑的残基对正成功地用于辨别出全α蛋白质和横跨膜蛋白质。 2. 材料和方法 2.1膜蛋白质数据库 膜蛋白质数据库起源于文献中关于膜蛋白质可利用的三维结构资料[44]。一套典型的膜蛋白质可以从以下网址获得：/Membrane_Proteins_xtal.html。这里用来研究的PDB代码是：1LGHA, 1LGHB, 1OCCI, 1OCCJ, 1OCCK, 1OCCL, 1OCCM, 1KZUA, 1KZUB, 1BGYE, 1BGYG, 1BGYJ, 1BGYK, 1MSL, 1FUMC, 1FUMD, 1OCCD, 1PRCH, 1OCCB, 1PSSH, 1FUMB, 1BGYD, 1EVLA, 1FUMA, 1AR1B, 1PRHA, 1CX2A, 2SQCA, 1PRCL, 1PRCM, 1OCCA, 1OCCC, 2BRD, 1E12, 1F88, 1PSSL,