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流体动力学数据库里变异蛋白质链的量度 Huan-Xiang Zhou 美国宾夕凡尼亚州 19104 ，费城部，卓克索大学，物理[学] 收到日期: 2001 年9月5日 发表日期: 2002 年3月7日 摘要： 本征粘度链的长度关系和斯托克斯半径证明了：变异蛋白质不在“不受干扰的”态，但是在氨基酸残基之间确实存在非局域的排除-体积相互作用。在这里，我们提出关于变异蛋白质的水动力学的计算结果，其中变异蛋白质有N=16到104个氨基酸残基。链构象是通过采样（φ，ψ）产生的，而这些采样是从蛋白质结构数据库里的环区段采集得到的。将一个硬性-球面直径赋值给Cα原子明确地解释了排除-体积效应。一个给定长度的链的dα值被调整，因此实验的本质粘度被复制。这个步骤允许实验的斯托克斯半径复制品的产生，这里的斯托克斯半径是指所有学习过的链长度的半径。端- 到-端的距离 R 的分布和它的均方R2 从抽取的链构象样品中获得。当本征粘度的链长度关系和斯托克斯半径匹配在 Zimm 模型 ( 预测[η]M= R23/2 和 Rs=K R21/2)时,获得系数Φ和K的长度关系。有效的链长 beff[ 由R2=( N- 1)beff2定义] 的范围是5.71 到 8.78?, 而且当N30时R的分布几乎是高斯分布。在N=1000时推断beff的值增加到10.6 ?。对于任何的链，两个内部残基之间距离的特点是一个比端-到-端距离更短的有效链长。 1.介绍 最近的实验研究以及早先和最近的理论研究指出,变异蛋白质链的量度是折叠的热力学和动力学的一个重要决定因素。对于变异蛋白质，水动力学测量法给量度的资料提供最直接的方法。但是，探取来自水动力学数据的资料有许多困难。 在这一篇论文中，我们给出变异蛋白质链的水动力学计算。对于本征粘度和斯托克斯半径，根据和实验数据的比较，我们获得了链的平均的量度，这里的链有N=16到104个氨基酸残基。 多肽链的构象由残基之间的相互作用以及他们和溶剂之间的交互作用决定。 “ 不受干扰的 ” 态有重要的历史意义。 在这个态里，残基-溶剂交互作用精确地平衡了残基之间的非局域排斥或吸引相互作用，因此多肽链的构象单独由局域相互作用决定。由弗洛里和他的合作者们发展的同旋转异构的态理论是为这个态而特地设计的。这个“ 不受到干扰的 ” 态给大多数溶剂情况下的多态链提供了一个方便的参考态，但在其他方面没有特别的关系。本征粘度链的长度关系和斯托克斯半径证明了：变异蛋白质不在“不受干扰的”态，但是在氨基酸残基间确实存在非局域的排除-体积相互作用。 这里，我们藉由模拟链里的任何两个残基之间排除-体积交互作用，明确地解释非局域相互作用。每个 Cα原子都被赋值一个硬-球体直径dα。一个给定长度的链的dα值被调整，因此实验的本征粘度被复制。端-到-端的距离 R 的分布和它的均方R2 从被抽取样品的链构象中获得。当本征粘度链的长度关系和斯托克斯半径匹配在 Zimm 模型 ( 预测[η]M= R23/2 和 Rs=K R21/2)时,获得系数Φ和K的长度关系。有效的链长 beff[ 由R2=( N- 1)beff2定义]的范围是5.71到8.78?, 而且当N30时R的分布几乎是高斯分布。在N=1000时推断beff的值增加到10.6 ?。对于任何的链，两个内部残基之间距离的特点是一个比端-到-端距离更短的有效链长。 2.方法 缩氨酸链构象的产生。通过改变(Φ，Ψ)角，从一条标准几何学的刚性主链产生缩氨酸链，如图1 所示。 N-Cα，Cα-C， 和C-N 的链长分别是1.458 ?，1.525 ?， 和1.329 ?，而N-Cα-C，Cα-C-N， 和C-N-Cα的角度分别是111.2°，116.2°，和121.7°。The(Φ，Ψ)角度是从氨基酸残基中采用的(Φ，Ψ)角中随机抽样的，这里的残基定位于4599环，由从FSSP库利1889蛋白质中收集到的11-30个残基组成。第10(i+1)个位置的Cα被承认，只有当它和在位置1到i-1上的Cα之间的距离都超过dα近路。当dα5?时，在i-1和i+1之间的紧密接触对的距离总被缩短到5?。在蛋白质结构里，i-1到i+1紧密接触对的范围是5-7.5?，而这个事实激发了这种类型的紧密接触对的近路距离的缩短。这里要注意最近的Cα-Cα的距离b固定在3.804?，因为没必要对用于这项研究的刚性主链的几何学和Cα-Cα之间的紧密接触进行检查。 图2给出59064环氨基酸残基的（φ，ψ）图。 20种氨基酸的百分率按递减顺序分别是 10.2, 8.8, 7.4, 6.9, 6.7, 6.6, 6.0, 5.8, 5.6, 5.5, 4.8, 4.5, 3.7, 3.6, 3.4, 3.4, 2.6, 1.7, 1.6, 以及1.