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提取方法与部位对浙贝母基因组DNA提取质量的影响
提取方法与部位对浙贝母基因组DNA提取质量的影响
摘要:探讨了改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法和试剂盒法对浙贝母基因组DNA的提取效果。综合比较了各方法提取的DNA浓度、纯度、完整性,结果表明高盐低pH法是比较适合浙贝母新鲜叶片基因组DNA提取的方法。比较了分别以叶片和鳞茎为材料提取的DNA质量,发现以新鲜叶片为材料提取的DNA浓度和纯度较高,更适合用于提取浙贝母基因组DNA。
关键词:浙贝母;基因组DNA;提取
中图分类号:S567.23+1文献标识码:A文章编号:0439-811421-4503-03
Effects of Extraction Method and Tissues on the Quality of Genomic DNA
in Fritillaria thunbergii
ZHOU Jie1,WANG Xiao-fei2,JIN Xiao-xia2,WANG Zhong-hua2
Abstract: Modified CTAB method, high salt low pH method, SDS method and DNA Mini-prep kit method were used to extract genomic DNA from Fritillaria thunbergii Miq. Comprehensive comparison of the concentration, purity and integrity of genomic DNA extracted by various methods showed that high salt low pH method was the suitable method for extracting DNA from F. thunbergii. Comparison between the DNA extracted from fresh leaves and bulb revealed that DNA obtained from fresh leaves was with higher concentration and purity, thus fresh leaves were better materials for DNA extraction of F. thunbergii.
Key words: Fritillaria thunbergii Miq.; genomic DNA; extraction
浙贝母是百合科贝母属的多年生草本植物,又名象贝、大贝、珠贝、土贝、元宝贝、苏贝。浙贝母的鳞茎干燥,性苦、寒,具有清热散结、化痰止咳、开郁之功效,是较为常用的中药材,也是著名的“浙八味”之一[1]。DNA的提取是进行各种分子生物学实验的基础,提取的DNA浓度和质量对后续实验结果有较大的影响。而中药材中含有丰富的次生代谢产物,使其DNA提取较为困难,有顽拗植物之称[2]。本研究比较了用不同方法从中药材浙贝母的新鲜叶片和鳞茎中提取基因组DNA的效果,从中找出简单高效的方法,以为开展浙贝母种质资源的遗传多样性分析及其分子鉴定奠定基础。
1材料和方法
1.1材料
材料采集地点为浙江省宁波市鄞州区章水镇,2010年3月20日采集宽叶浙贝母、狭叶浙贝母、多子浙贝母三个品种的新鲜嫩叶,2010年10月5日采集多子浙贝母的鳞茎用于实验。
1.2方法
1.2.1材料的预处理
1)叶片:将新鲜叶片洗净擦干后剪碎,放入预冷的研钵中,加入适量的PVP提取液以及2%的β-巯基乙醇进行快速研磨。研磨成均匀的糊状后取适量分装入1.5 mL的离心管中,待用。
2)鳞茎:将鳞茎去皮洗净后切成细小的状块,放入预冷的研钵中,加入适量的PVP提取液以及2%的β-巯基乙醇进行快速研磨。研磨成均匀的糊状后取适量分装入1.5 mL的离心管中,待用;将鳞茎去皮洗净后烘干,用万能粉碎机研磨成细粉状,称取适量到离心管中,待用。
1.2.2基因组DNA提取以多子浙贝母叶片为材料,考察CTAB法、高盐低pH法、SDS法和试剂盒法对浙贝母基因组DNA的提取效果;并考察高盐低pH法对不同浙贝母品种和部位基因组DNA的提取效果。各DNA提取方法如下:
1)CTAB提取法[3,4]:向装有浙贝母材料的离心管中加入800 μL预热的CTAB提取缓冲液,混匀后65 水浴1 h,12 000 r/min离心15 min;取上清,加入等体积的氯仿/异戊醇轻轻混匀,12 000 r/min离心15 min,重复此步骤一次;取上清,加入2/3体积的
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