[医学]Biojava2012.doc

Biojava程序设计实验指导书 （第二版） 生物信息学院 2012.8 前 言 实验教学是工科院校三大教学环节之一，通过实验不仅可以巩固、加深对基础理论知识的理解，而且可以培养学生独立分析问题、解决问题的能力和严谨的工作作风，以适应未来工作的需要。 由于Java和Biojava在生物信息学软件开发中具有重要的应用，为了顺应生物信息学的快速发展，必须深化教学改革，加强实践性教学环节，加强对学生动手能力的培养。结合本专业要求，以及随课实验的特点，我们编写这本教材时加强了java基础综合应用，注重实验内容的典型性、实用性、设计性和新颖性。通过程序编写，达到培养学生运用java分析问题和解决实际问题的能力。 本书在编写过程中参考了许多同行的研究成果，编者在此表示感谢。由于编者水平有限和时间仓促，难免有不足之处，希望读者提出宝贵意见，批评指正。 编 者 2012年8月 本课程实验总体要求 一、程序书写规范 一个好的程序必须遵守相应的编程规范，具有良好的可读性，以提高程序的可维护性。所以，要培养一个良好的编程习惯，可注意以下几方面： 包、类、变量、方法等命名：要体现各自的含义： 包名全部小写，io，awt 类名第一个字母要大写，其余每个单词首字母大写，如HelloWorldApp 变量名第一个字母要小写，其余每个单词首字母大写，如userName 方法名第一个字母要小写，其余每个单词首字母大写，如setName 程序书写格式：采用代码缩进和有效使用空格，保证程序结构层次清晰，一目了然： 大括号{}的使用与对齐 语句段的对齐 在语句段之间适当空行 程序注释：帮助了解程序的功能。 类注释 变量注释 方法注释 语句注释 语句段注释 建议：一个类一个.java文件 二、亲手编写源程序 在编写Java 程序过程中，第一个实验不能使用可视化开发工具如eclipse，其余可以使用eclipse可视化开发工具以提高效率。实验过程中要亲手编写源程序，以便理解类和编程思想，不要利用复制粘贴方式编程。 三、立即运行程序 编写的源程序要立即上机编译运行来检验程序中存在的问题。通过运行的结果验证程序的功能是否实现。有一些系统类的方法、变量也需要上机实验去了解它们的含义。 在实验过程中可以通过故意违反java语法来测试和训练阅读编译错误和从中思考解决方法。 Java 还有很多相关的技术，JavaScript 是具有Java 子集的脚本语言，可用于编写ASP 文件；JSP是比ASP 更优越的Web 动态开发技术，以Java 作为脚本语言，通过JDBC 能够利用SQL 与数据库进行通信，使Java 得到更大范围的应用，如生物信息数据管理和软件开发。Java 在2D 图形、3D动画、移动电话方面也有很好的应用，学习Java 才是刚刚开始。目 录 前 言 3 本课程实验总体要求 4 实验一 Java与BioJava编程环境下载、安装、配置与运行测试 1 实验二 Java语法基础测练测试与BioJava应用 7 实验三 Eclipce安装与基本操作 16 实验五 包、接口、设计模式与异常处理应用 39 实验六 常用系统类与Biojava类应用 52 实验六 图形用户界面 67 实验七 图形与多媒体处理 82 实验八 Java网络与多线程 93 实验九 数据库的应用与生物数据库的连接与构建 99 实验十 综合练习 102 实验一 Java与BioJava编程环境下载、安装、配置与运行测试 【开发语言及实现平台或实验环境】 Windows2000 或XP，JDK1.6和BioJava1.5 【实验目的】 1．掌握下载java sdk软件包、EditPlus编辑软件的方法 2．掌握设置Java程序运行环境的方法 3．掌握编写与运行Java程序的方法 4．了解Java语言的概貌 5．为后续java程序的实验做准备 【实验要求】 1．JDK的下载与安装 2．设置环境变量 3．编写编译Java源程序 4．运行Java程序 【实验内容】 一 JDK下载与安装 1．机器要求 Java对机器运行要求不高。下面给出的是基于Windows平台的机器要求。 硬件要求：CPU PⅣ，128M内存，1G硬盘空间即可 软件要求：Windows 2000/XP，IE6.0 2. 下载JDK 为了建立基于SDK的java运行环境，需要先下载sun的免费SDK软件包。SDK包含了一整套开发工具，其中包含对编程最有用的是Java编译器、Applet查看器和Java解释器。在浏览器中输入进入sun公司官