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神经元房室数据做图 (2010-09-25 16:38:45) 标签： 房室 做图 教育 分类： ??? 话说研究生数学建模的C题，其数据来源是人类脑计划研究的一个网站，题目所给的文件格式是SWC类型的，一个神经元根据形态空间结构可以离散为很多房室，这些房室用SWC格式文件进行描述，SWC 的格式中，每行包含有神经元一个房室的7个标准数据点:(1)一个房室的标号；(2)房室的类型 (例如 0- 待定, 1- 胞体, 2- 轴突, 3- 树突, 4- 尖端树突, 等等.)；(3)房室的x坐标；(4)房室的y坐标；（5）房室的z坐标；(6)房室的半径；(7)与该房室连接的母房室标号。 ??? 很明显，如果我们要对神经元进行分类的话，要在数据预处理的过程中将SWC文件中的房室数据转化为神经元形态特征，比如神经元的胞体表面积, 干的数目, 分叉数目, 分支数目,宽度, 高度, 深度,直径,长度,表面积,体积、树干锥度、分支幂律、分支角度或者其他形态参数。至于编程具体怎么进行形态特征计算的，以后有时间的话会写一写，美国有个专家做的一个名为LMeasure的软件可进行这方面的东西。现在我主要说一下神经元房室数据做图的问题。 ??? 首先要解决的一个问题是神经元数据如何读至matlab中。我用记事本打开的时候，发现其中有乱码，用写字板打开的时候是正常的。可能是因为记事本是文本文件，打开的时候要进行转换，字节要转化成ASCII，而写字板可能是二进制文件，打开时候不进行任何转化。最后的操作步骤如下：1、将SWC文件用写字板打开并且拷贝至matlab的工作路径下。2、在matlab窗口中将SWC后缀改为txt的（有的电脑上可以直接改，我的没有后缀名）。3、将前面无关的字符去掉，只保留数据信息即可，使用importdata进行数据的导入即可，注意这样读入的是一个结构体，数据使用.data提取出来（关于txt文件的读入也有很多种方法吧）。 ??? 数据读入以后下面的问题就是如何对神经元的房室数据进行做图。当然了较为简单的方法是直接使用plot3函数，将房室的X、Y、Z的坐标读入即可，但是这样不能反映房室前后的相连关系。为了体现第7列的信息，即房室是如何相连的，我们可以这样考虑，对于任一数据行，找出它的母房室，然后将这一点和其母房室数据做图，当然了，母房室数据要放在前面，这样的配对过程不需要对第一个点也就是胞体进行，因为胞体就算是根节点了，而且根据观察，貌似神经元中最多有一个胞体。 ??? 最后，读入神经元数据并且绘制神经元房室空间图像的程序如下。 %???????? author:dingqian%????????? email:dingqian12345@126.com% establish_date:2010/09/18%??? modify_date:2010/09/25_16:22%?????? function:神经元房室数据做图clc;clear all;close all;a=importdata(purkinje neuron-A.txt);????? %读取txt文件 a是一个结构体a1=a.data;????????????????? %读取数字a2=a.textdata;????????????? %读取字符串m1=a1(:,1);m2=a1(:,2);m3=a1(:,3);m4=a1(:,4);m5=a1(:,5);m6=a1(:,6);m7=a1(:,7);numdata=length(m7);? %数据长度 cc0=find(m2==1);???? %返回找到的数据位置numcc0=length(cc0); %如果为0的话不需要计算下面的数据了?? 没有胞体的情况必须考虑 x=m3;y=m4;z=m5;dot=m6; figure(1);plot3(x,y,z);view(0,90);title(\fontsize{16}神经元); figure(2);plot3(x,y,z,.);? %指定标记类型而没有指定线型 只画点而不连线view(0,90);title(\fontsize{16}神经元); for i=2:1:numdata??? aa0(i-1)=m3(i);??? aa1(i-1)=m4(i);??? aa2(i-1)=m5(i);??? bb0(i-1)=m3(m7(i));??? bb1(i-1)=m4(m7(i));??? bb2(i-1)=m5(m7(i));end figure(3);for i=1:1:length(aa0)??? plot3([bb0(i),aa0(i)],[bb1(i),aa1(i)],[bb2