通过激光捕获显微切割实时PCR和二代测序技术进行遗传异质性.PDFVIP

XT ™ ™ ™ 应用说明 Arcturus LCM, ViiA 7, 以及Ion PGM 系统 肿瘤样品回顾性分析时，通过激光捕获显微切割、 实时PCR和二代测序技术进行遗传异质性分析的方法 1 1 2 2 2 2 Kenji Amemiya, Yosuke Hirotsu, Shinsaku Ohtaki, Manabu Watanabe, Junko Kusano, Takashi Ishikura, Yoshiharu Hayashi,2 and Masao Omata1 1. 山梨县立中心医院。2. Life Technologies 日本有限公司 • 这里所展示的是在癌症研究过 2. 通过实时PCR技术对提 1. 使用LCM技术从FFPE样 3. 通过二代测序技术进行 程中使用激光捕获显微切割技 本采集靶向位点 取的DNA样本进行质量 变异检测 4. 数据分析 评估 术(LCM)从少量保存组织中获 取高质量基因组信息的工作流 程。 • 我们为您提供一种利用实时 PCR技术对DNA提取样本进行 XT™ ™ ™ ™ ™ Arcturus LCM 系统与 ViiA 7 实时 PCR 系统与 Ion PGM 系统与 Ion AmpliSeq Torrent Suite 软件与 质量分析的简单方法。该方法 PicoPure® DNA 提取试剂盒 TaqMan® 检测 Cancer Hotspot Panel v2 Torrent Variant Caller 插件 可在保证对DNA提取样本进行 快速定量的同时，确定该DNA 图1. 癌症研究中针对FFPE组织样本进行二代测序的工作流程 样本是否适合进行测序。 • 在Ion PGMTM 系统上，通过靶 简介 向测序方法从所提取的DNA样 理解肿瘤样本的遗传组成对于评估其内在生物学特性十分重要。DNA 本中获得高质量的序列信息。 测序技术是获取肿瘤内基因型完整快照从而鉴定潜在致病突变的理想方 该技术凭借其快速、灵活的特 TM 系统所进行的二代测序(NGS)技术在准确性、测序成 法。使用Ion PGM 点，将很有可能成为癌症基因 本和测序速度都得到了长足的进步，使这类研究变得触手可及。不过想 组相关实验室中不可或缺的必 要将该技术流程成功应用到癌症基因组学实验室中，从样品制备到实施 要工具，帮助实验者从复杂样 测序的整个过程中还需要考虑若干因素。 本中鉴定致病突变。 肿瘤的产生和增值由基因组畸变的积累所导致，组织的 将回顾性结肠良性病例FFPE切片(10μm)铺盘于聚萘 群体遗传组成也随之从均质变得复杂多变。多数肿瘤是 二甲酸(PEN)覆膜的载玻片上(请查看订购信息) ，并 由带有不同基因组成分的细胞聚集而成的，因此在观 使用苏木精和曙红(HE)进行染色。将HE染色的玻 测时往往只能得到这类肿瘤团块中的 “平均”基因组 片载入ArcturusXTTM LCM系统，对肿瘤及非肿瘤区域 信息，而难以进行更精确的分析。理想情况下，应对癌 进行鉴定。使用IR和UV显微解剖激光，从FFPE样本 肿的细胞亚群或单细胞中所提取出的基因组DNA样本进 中