化学中的计算——DNA计算的发展与模型概述.docVIP

化学中的计算 型概述 DNA计算的发展与模  尹晓尧李非伯晓晨骆志刚左小磊 国防科技大学计算机学院并行与分布重点实验室里 事医学研宄院辐射医学研宄所中国科学院上海应用 物理研宄所物理生物学研宄室 电子计算机的发展给人类社会进步带来了极大的推动作用，但是随着电子计算 机制造工艺趋于极限，人们迫切需要找到一种新的计算体系来满足口益增长的 计算需求。DNA计算因其超强的信息存储、大规模的并行计算能力和超低的能耗 而受到了广泛的关注。自1994年Adi eman在实验室利用DNA完成了一个6 顶点哈密尔顿路求解问题开始，各种计算模型纷纷涌现。木文首先对DNA计算的 基本原理和实验操作手段进行了简单的介绍，然后对DNA相关的理论进行了阐 述，包括DNA计算屮序列编码设计的理论、DNA计算模型复杂度分析与通用计算 能力的证明；在此基础上，对突破性的DNA计算模型进行了概括，进而根据实验 操作的具体手段将所有已知模型进行了分类，按照类别进行了综述，并随后挑 选了该类别中经典的模型进行更为直观的分析。更进一步，在文章的最后，结合 笔者的工作对DNA计算领域的前景进行了展望。 关键词： DNA计算;NP难问题;并行重叠组装模型;粘贴模型;剪接模型;DNA Tile 组装;牛.化信号;逻辑门; 计算机研宄者们将计算问题划分为三类:容易、困难和不可计算。对 于容易类的计算问题，目前的电子计算机可以轻易地胜任;但是对于网难类的计 算问题，即我们常说的NP （nondeterministic polynomial,非多项式吋间可解） 问题时，随着问题规模的増大，计算所需要的时间呈指数级别増长，传统计算 机难以维持。此外，随着计算机制造工艺的不断发展，芯片上集成的晶体管数量 逐渐接近极限，量子效应越发明显，电子计算机的发展速度与计算需求之间的 鸿沟进一步扩大。因此，科学家们致力于寻找其他全新的计算机结构，试图有效 地解决这些问题。DNA计算是一种以DNA分子与相关的某些生物酶作为基本材料， 以某些生化反应为棊础的新的计算模式。其棊本思想是利用DNA分子特殊的双螺 旋结构和碱基互补配对Watson-Crick原理，将所要处理的问题编码为特定的 DNA分子，通过一系列的生物化学反应和基础的实验操作，来实现运算的过程， 这种生物计算的思想开创了一种新的计算模式。DNA计算因为其超强的优势而受 到了广泛的关注，具体来说：（1）高度并行性，DNA计算机在一周内的运算量相 当于所有电子计算机问世以来的总运算量；（2）储存量大，DNA作为遗传信息的 载体其信息存储容量之大可达到一立方米溶液中存储一万亿亿比特的二进制数 据，远远超过目前所有电子计算机的总存储量；（3）耗能低，DNA计算所消耗的 能量只有一台电子计算机完成同样计算所消耗能量的十亿分之一。 DN八计算思想的提出己经有了大半个世纪，早在1961年，FeynmanXll提出了分 子计算的概念，但是由于受到当时的实验条件、材料、生物技术等方面的限制， 他的构想并没有真正得以实现。人们对分子生物学理论的认识和研宂的深入，以 及新的生物技术和实验方法的不断涌现，为分子计算的实现打好了基础。1982 年，提出了利用DNA分子构造各种简单构件的思想。1994年， 八dlemanUl首次提出了哈密尔顿有向路问题的DNA分子生物计算方法，并成功 地在装有DNA溶液的试管屮进行了实验，开创了计算科学的一个新领域，具有 十分重大的意义，这一重大成果很快引起了数学、计算机、生物学等领域的研允 者们的广泛关注。1995年，LiptcmM提出基于DNA计算求解可满足性问题的模 型，将DNA序列映射为布尔矢量，通过一系列的溶液分离与合并操作，最终筛 选出满足条件的解。Seemarin首次提出了利用DNA分子构成自组装Tile结构， 他利用其屮一种DX Tile结构建立多种复杂的算法模型对于二维的自组装模 型，Winfroo称其为“Tile自组装模型”，它是建立在Wang等皿提出来的Tile 理论基础上的；1995年，Winfi、ee［10］提出利用DNA Tile自组装模型进行计算的 重要思想，并证明了二维自组装模型有通用计算能力;2000年，Mao等［11］首次 通过实验给出了自组装DNA计算模型求解累积异或运算的实现过程和方法。1997 年，Ouyang等Uil提出了求解6顶点图的最大团问题的DNA计算模型，该方法 通过分析原图的补图，利用酶切的方法来缩小解搜索空间，并且对顶点的0和1 进行了不同长度的编码，使得可以通过琼脂糖凝胶电泳测得的DNA序列的长度 来判断最大团的大小。其后，EngX^l提出了一种基于DNA表面计算求解可满足 性问题的计算模型。1997年，Hagiya等U41首次将单链0嫩分子形成的发卡结 构用于Bool