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生物信息学概述 徐燕 生物信息学产生的背景 生物信息学的定义和研究内容 生物信息学的研究方法 软件开发 一、产生的背景 1990，由美国能源部(DOE)和国立卫生研究院(NIH)提出并提供资助，被称为生命科学“登月计划”的人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）。 HGP的主要任务是：人类基因组以及一些模式生物体(细菌、酵母、线虫、果蝇等)基因组的作图、测序和基因识别。即以测定基因组的序列数据为出发点，随后对其进行分析解读，确定基因数量，预测各基因的功能，搜索疾病基因，比较不同基因之间的差别，以达到了解和认识生命的起源、重间和个体间差异的起因，以及疾病产生的机制、长寿与衰老等生命现象的本质，并造福人类。 该计划一经提出，很快扩展成为世界范围的研究计划。经过美、英、13、法、德和中国科学家的共同努力， 至2000年6月26 日完成了工作草图；至2001年2月12 日完成并公布了准确、清晰完整的人类基因组图谱。 但是，研究结果所显示的人类基因组包含的基因数目约3万一4万个，只是原本预料的(6万～10万个)几分之一，是线虫的3～4倍、果蝇的2倍，比老鼠也只多了约300个核苷酸。人类基因数如此之少，而人的结构和功能却很复杂？研究人员对人类的复杂性作了如下解释：①人类基因有3～4万个，而蛋白质却有25万种之多，故推测每一基因平均合成几种蛋白质。②人体蛋白质在合成后分别黏附上了不同的糖分和其他化学物质，使其产生功能各异的蛋白质。 同时，人类基因组计划带来了海量的不连续的数据。由于计算机数据库等技术的迅速发展，20世纪80年代初开始建立了美国GenBank，欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL)和日本DNA数据库(DDBJ)，这些数据库，由互联网连接，构成了极其复杂、规模巨大的生物信息。 世界上第一台计算机是美国于1994年11月在实验室研 制成功的。生物计算机的主要材料之一是生物工程技 术产生的蛋白质分子，并以此作为生物芯片。在这种 芯片中，信息以波的方式传播，运算速度比当今最快 的计算机快10万倍左右，能量消耗仅为普通计算机的 几亿分之一，而存储信息空间仅占百亿分之一。制造 生物计算机，纳米技术是关键。 三、研究方法 借助于计算机科学、信息科学及其他学科的共同参与，人们发展了生物信息的多种分析方法，其中最基本的方法有序列对比、结构对比及功能对比预测法。 ① 序列比对预测法 序列比对是以核酸和蛋白质序列为依据，来比较两个或两个以上核酸或蛋白质在碱基、氨基酸水平上的相似性和不相似性。 ② 结构比对预测法 结构比对的基本问题是比较两个或两个以上蛋白质空间结构的相似性或不相似性。从方法学上来看有演绎法和归纳法两种：前者是从一些基本原理或假设出发来预测和研究蛋白质的结构和折叠过程；后者主要是从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测蛋白质结构。 ③ 功能比对预测法 蛋白质的功能预测是以目的蛋白为线索力图发现它和功能已知蛋白的相似性。 四、软件开发 SAS (Statistical Analysis System)是一个模块化、集成化的大型应用软件系统。它由数十个专用模块构成，功能包括数据访问、数据储存及管理、应用开发、图形处理、数据分析、报告编制、运筹学方法、计量经济学与预测等等。SAS系统基本上可以分为四大部分：SAS数据库部分；SAS分析核心；SAS开发呈现工具；SAS对分布处理模式的支持极其数据仓库设计。 SAS系统主要完成以数据为中心的四大任务：数据访问；数据管理；数据呈现；数据分析。 SPSS（Statistical Package for the Social Science）——社会科学统计软件包是世界是著名的统计分析软件之一。 20世纪60年代末，美国斯坦福大学的三位研究生研制开发了最早的统计分析软件SPSS，同时成立了SPSS公司，并于1975年在芝加哥组建了SPSS总部。20世纪80年代以前，SPSS统计软件主要应用于企事业单位。1984年SPSS总部首先推出了世界第一个统计分析软件微机版本SPSS/PC+。 目前已经在国内逐渐流行起来。它使用Windows的窗口方式展示各种管理和分析数据方法的功能，使用对话框展示出各种功能选择项，只要掌握一定的Windows操作技能，粗通统计分析原理，就可以使用该软件为特定的科研工作服务。 测序分析软件Phred/Phrap/Consed Phred/Phrap/Consed 是华盛顿大学开发的用于大规模DNA测序的分析软件系统。该系统运行于UNIX环境下，包括phred 碱基读取程序、phrap序列组装程序和consed图形化视图。 Phred采用快速傅立叶变换分析技术，从DNA测序所得到的图形数据中提取DNA碱基排列顺序信息（即Ba