4_linpack实验.docVIP

Linpack是国际上最流行的用于测试高性能计算机系统浮点性能的benchmark。通过对高性能计算机采用高斯消元法求解一元N次稠密线性代数方程组的测试，评价高性能计算机的浮点性能。 测试包括三类，Linpack100、Linpack1000和HPL 。 HPL即High Performance Linpack，也叫高度并行计算基准测试 。 至目前为止， LINPACK 还是广泛地应用于解各种数学和工程问题。 也由于它高效率的运算， 使得其它几种数学软件例如 IMSL、 MATLAB 纷纷加以引用来处理矩阵问题， 所以足见其在科学计算上有举足轻重的地位。 如何运行linpack： 1.编译器的选择 Gcc 免费，通用，功能强大 这里使用全安装方式下RedHat操作系统自带的GNU编译器。 2.mpi的选择 Openmpi-1.2.4 支持mpi2.0,功能强大，灵活，支持infiniband，效率高 使用rsh或ssh可以自由切换，路径可以自己标志，编译器也可以改，一个版本支持多种通讯方式 Openmpi安装过程 因为默认的openmpi编译出来的库为动态库，所有要设置LD_LIBRARY_PATH变量，如果想要不设，在编译openmpi时加上 --disable-shared --enable-static 选项 编辑/etc/profile,在文件的最后面加上蓝线区域内的内容，然后source一下，使更改生效。 输入which mpirun 出现如下信息，则说明环境已搭建成功。 库的安装 库的选择 一般认为gotoblas库（基本线性代数子方程 ）比较好，所以在这里我们就选用gotoblas库。当前所用机器为amd平台的机器，所以我们就直接选用gotoblas-1.26 下面是具体的安装过程： 修改make.rule文件。 将下面的蓝色行前面的#去掉，保存，退出。 Make生成库文件 也可以直接运行gotoblas目录下的quickbuild.64bit文件来生成库文件。 Intel平台下的goto库的安装 Intel平台下的库要用专门的GotoBLAS-1.26.Nehalem.tar.gz 库来编译。且在编译过程中要把binutils版本升级到=2.17的binutils，然后更新/usr/bin下的as，因为虽然安装了新的binutils，但是被安装在了/usr/local/bin,而gcc调用的是/usr/bin下的as。 （as：汇编器） Hpl的选择与安装 目前比较新的hpl版本是hpl-2.0，我们在这选择2.0进行测试。 解压文件包。 从setup目录下拷贝一个符合当前环境的文件到hpl目录下做Make文件。 修改make文件 查看是否生成了xphl，如果该目录下已经有了该文件，则说明编译成功。 如果没有这两个文件则说明make没有运行成功，常常是由于Make.test文件有错误造成，要修改Make.test文件，使用一个新的后缀名(如test1)，将ARCH变量也改为与新后缀名相同ARCH=test1，再次运行make命令时，arch=test1也要随之改变。 执行 多机linpack运行 通过nfs，网络mount主节点的home目录，修改mpirun的环境变量。 编辑/home/openmpi/etc/下的openmpi-default-hostfile文件 性能调优： Linpack的性能调优涉及的方面很多，是一项很复杂的工作。主要的优化工作集中在HPL.dat文件中参数的优化选择、库的选择以及硬件的选择等方面。 修改test目录下的hpl.dat文件： # vi /root/test/hpl/bin/test1/HPL.dat 一般每次测试都要修改第3-12行,修改原则如下: 第3行：如果希望结果输出到文件，那么在这一行指定文件名称，这个文件会放在/test下。 第4行：如果希望结果输出到文件，此处设8. 第5行：计算的组数， 第6行：每组的规模。规模的最大取值根据公式N*N*8=内存容量*80%计算得出。例：对于内存是4G的平台,N*N*8=4000000000*80%，得出N=20000, 测试者希望本测试连续运行三次，则第五行设3，本行取小于等于20000的任意三个数字。 第7、8行：这两个数字与库类型有关，如第7行设3，第八行就要将下表中的某个数字连写三遍，这个数字有一些经验值。 平台 L2 Cache 数 学库 NB Intel P4 Xeon L2：512KB ATLAS 400 ? ? MKL GOTO 384 192 AMD Opteron L2：1MB GOTO 232 Intel nocona ? GOTO 96 第1