第0章节生物网络引言幻灯片.ppt

6.表观遗传调控网络 小结 一、网络与网络科学的定义 二、网络科学历史 三、网络科学与多学科的交叉融合 四、网络科学研究方法及体系结构框架（※） 五、网络科学的子学科（※） 六、网络的分类方法（※） 七、 分子生物网络基础理论（※） 思考题 网络与网络科学是一个概念吗？ 系统与复杂是同一个概念吗？ 网络统计学 网络统计学（Network Statistics）是收集分析数据和信息，提示社会网络、物理网络和生物网络数量特征和规律并提供决策支持的一门新交叉科学。 网络统计学具有多学科交融特点，与传统的统计学相比，更重视研究在社会网络、经济网络、物理网络和生物网络中不同的模型、分析手段和技术，例如计算机网络等各种新型统计技术。 网络科学、技术与实验 2007年，美国科学院国家研究委员会的报告‘陆军网络科学技术和实验中心的政策’得出的结论是，‘根据陆军的需要，网络科学技术和实验中心应该是是一个综合机构，由两个或三个集中设施组成，可以与各种分布式配置的下属支持单位利用网络互联’。 四、网络科学研究方法及体系结构框架 网络科学研究主要方法：采用统计学的方法来收集真实网络数据及实验数据，建立模型，进行仿真、分析和预测，注意克服以往一些数学家偏重对网络抽象的数学分析、较少研究真实网络的缺点，网络科学需要采用优化工具。 五、网络科学的子学科 问题“你的未来工作可能成为网络科学的组成部分吗？” 2005年，对超过29个国家的23个学科和专业领域的2277名科学研究专家进行了问卷调查，结果显示有97%的被调查者认为自己的工作将来可能属于网络科学范围，还表明人们认为网络科学作为交叉科学，未来将具有广阔的研究领域。 网络百科全书指出，网络科学包括动态网络分析、社会网络分析、复杂网络研究、网络优化、网络生物和图论等6个子学科。 也有学者认为网络科学包括9个子学科：生物网络研究、物理网络研究、社会网络研究、复杂网络研究、动态网络分析、网络优化、网络健壮性和安全、网络统计学、图论，还有今后待扩充的“其他子学科”。 这些子学科还可以进一步细分为若干下级子学科，如网络生物学可作为“生物网络”的下级子学科。 六、网络的分类方法 真实网络可粗略划分为三种类型：生物网络、物理网络和社会网络。 实际上，从不同的角度出发，对网络可以有其他多种分类方法。 七、 分子生物网络基础理论 分子生物网络基本概念 分子生物网络分类 生命复杂性金字塔包括4个层次结构（微观）： 第1层：金字塔底层，它是传统生物学对于细胞和组织最基本组成部分的描述，包括基因组、转录组、蛋白质组和代谢组。 第2层：细胞和组织的组件，包括遗传调控的模体及代谢路径。 第3层：组织和细胞的功能模块。 第4层：功能模块构成的大规模组织，其中一些具有无标度网络的特性。 还有一些是宏观层次的生物网络，例如疾病传播网络（非典型性肺炎、新型流感等），生态网络（食物链，食物网络，江河水系，雨林等）及生物群体网络（昆虫社会、野兽群体、鸟群等）。 （一） 基本概念 分子生物网络 (Molecular biology network) 分子生物学 (Molecular biology) 复杂网络 (Complex network) 分子生物学：从分子水平上研究生命现象物质基础的学科。研究细胞成分的物理、化学的性质和变化以及这些性质和变化与生命现象的关系，如遗传信息的传递，基因的结构、复制、转录、翻译、表达调控和表达产物的生理功能，以及细胞信号的转导等。 复杂网络：具有自组织、自相似、吸引子、小世界、无标度中部分或全部性质的网络称为复杂网络。-钱学森 分子生物网络 分子生物网络：是指生命系统中形态与功能上特化的细胞集团之间，以及各种生物大分子在组合上相互关联的结构形式。 分子生物网络相互联系并跨越生命系统各层次，使生命运动呈现组织性、确定性、稳定性、协调性的功能； 分子生物网络是生命系统细胞与细胞内、外环境之间进行物质、能量、信息转换的渠道。 分子生物网络分析 分子生物网络分析：基于复杂网络的技术研究分子生物网络的结构形式，分析各组分之间的调控关系、以及物质、能力、信息转换的渠道等。 分子生物网络构建、分析方法，以及网络功能注释是掌握的重点。 分子生物网络的意义 现在生命科学研究主流是建立在还原论基础上的分子生物学。持有还原论的生物学家认为，只要认识了构成生命的分子基础（基因和蛋白质）就可以理解细胞或者个体的活动规律，而组分之间的相互作用常常被忽略不计。 而绝大多数生物特征都来自于细胞的大量不同组合，比如蛋白质、DNA、RNA和小分子之间的交互作用。 对于这些极其复杂的交互作用网络的结构和动力学的理解已经成为当今生命科学领域研究的关键。 分子生物网络基本构建方法 生物网络是描述复杂生物系统的一种有效的方法。 构建的基