进化树幻灯片.pptVIP

bioinformatics 系统发育树 张力 什么是系统发育进化树？ 系统发育进化树（Phylogenetic tree）是用一种类似树状分支的图形来概括各种生物间的亲缘关系。 系统发育树的主要构成 节点（node）：每个节点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分支（clade）：由同一生物进化而来的单一进化系统群。 进化树的结构 系统发育进化树示例 进化拓扑结构： 进化树中不同枝的拓扑图形。 根：所有分类的共同祖先。 结点：表示一个分类单元。 进化支：两种以上生物（DNA序列）及其祖先组成的树枝。 进化分支：进化关系的图形表示 进化分支长度： 用数值表示的进化枝的变化程度（遗传距离） 距离标尺： 生物体或序列之间差异的的 数字 尺度。 外群： 与分析序列相关的生物序列且具有较远的亲缘关系 人 猩猩 狒狒 外 群 分支 长度 根 进化支 结 点 距离标尺 一个单位 结点 进化树构建步骤 多序列比对 选择建树方法 建立进化树 进化树评估 实例： 建立上一节中未知蛋白和BLAST搜索获得的与之序列相似的Thioredoxin的进化树 多序列比对 将未知蛋白的氨基酸序列和BLAST搜索下载到的Thioredoxin序列合并为一个FASTA文件 使用MEGA打开此文件，使用ClustalW进行多序列比对。（方法参照多序列比对章节） 构建进化树 点击Data，Phylogenetic Analysis 然后回到程序主界面，点击Analysis, Phelogeny,选择构建进化树的方法，这里我们使用N-J法构建进化树，选择第二个选项。 构建进化树 按照右图修改参数 其中Test of Phylogeny代表的是评估进化树可信度的方法，这里选择Bootstrap metod，一般设置重复次数1000次 设置完成后点击Compute 建树参数的设置 点击这里可以将进化树保存到word里 人 猩猩 狨 猕猴 家兔 野猪 马 牛 羊 兔 小鼠 斑点叉尾鮰 鸡 眼镜王蛇 人 小鼠 兔 兔 果蝇 Thioredoxin Thioredoxin domain-containing protein 2 Thioredoxin domain-containing protein 8 课堂练习 1. 使用BLAST搜索酵母（Saccharomyces cerevisiae）Hexokinase 1(P04806)的同源蛋白，找出与酵母Hexokinase 1相似度最高的蛋白。（使用blastp软件搜索swissprot数据库） 2. 下载40个与酵母Hexokinase 1相似性较高的蛋白的序列，和一个相似性低的Hexokinase的序列（作为外群）。以这42个蛋白质序列建立进化树（使用N-J法），观察各序列的来源物种在进化树中的关系。 基因、增强子、沉默子、各种调控元件等 各种功能元件具体的功能，基因的功能 基因、增强子、沉默子、各种调控元件等 各种功能元件具体的功能，基因的功能