华南师范大学-南京大学理论与计算化学研究所.pdfVIP

创 腾 科 技 有 限 公 司 Neotrident Technology Limited 华南师范大学 CO 分子在Pd(110)表面的吸附 背景：本指南中将考察CO 分子在Pd(110)的吸附。Pd 表面在多种多样的催化反应中扮演了 非常重要的角色。了解分子是如何与这样的表面作用的是了解催化反应的第一步。在本文中， 密度泛函理论(DFT)模拟可以对此有帮助，它可以回答下列问题：分子最倾向于吸附何处？ 多少分子会吸附在表面上？吸附能是多大？吸附后的结构是什么样的？吸附机理又是如 何？ 本利将集中于一个吸附位置，短桥位，这是众所周知的能量优先位置。并且，覆盖率是固定 的(1ML)。在 1ML 的覆盖率下，CO 分子会相互排斥，这会防止CO 分子垂直于表面。通过 考虑(1x1)和(2x1)表面元胞，可以对能量分布进行计算，进而得到化学吸附能。 Pd 三维图和顶视的Pd(110)表面。(110)切面用蓝色加亮。a 是体晶格常数，也就是晶格参数。 0 1. 构建计算模型 本指南包含了五个不同的计算。为了便于管理，需要一开始就在根目录下建立五个子文件夹。 右击根目录选择New | Folder。重复这个操作四次。右击新文件夹，将其命名为Pd bulk。对 其他文件夹重复这个操作，并将它们分别命名为Pd(110), CO molecule, (1x1) CO on Pd(110) 和 (2x1) CO on Pd(110).。 2. 优化bulk Pd Pd 的晶体结构包含在MS 的晶体库中。 在Project Explorer 内，右击Pd bulk 文件夹，选择Import，浏览 Structures/metals/pure-metals， 找到并引入Pd.msi。 43 创 腾 科 技 有 限 公 司 Neotrident Technology Limited 华南师范大学 Pd 的三维结构就显示出来。可以把它的显示模式改为球棍模式。 右击Pd 3D Model 文件，选择Display Style，在Atom 标签栏里，选择select Ball and stick， 关闭次对话框。 现在需要运用CASTEP 对Pd 结构及进行几何优化。 从工具条中选择CASTEP 工具，然后选择Calculation。 CASTEP 的对话框如下所示： 几何优化的默认值并不包含对晶胞的优化。 把Task 中的Energy 改为Geometry Optimization，按下More…按钮，在CASTEP Geometry Optimization 对话框里，勾选上 Optimize Cell。按下Run 按钮。 一条关于转换到元胞的消 息框弹了出来，点击Yes。 工作被提交并开始运行。现在可以进行下一步的计算任务，构建CO 分子。在该计算任务结 束的时候返回查看晶格参数。 当工作结束的时候，必须把原始晶胞计算结果转换回传统晶胞的表达形式，以便在Step4 的 时候构建Pd(110)表面。 在Project Explorer 内，打开位于Pd CASTEP GeomOpt 文件夹内的Pd.xsd 文件。选择菜单 栏里的Build | Symmetry | Conventional Cell。 现在保存工作文件。 选择File | Save Project，然后是then Window | Close All。 44 创 腾 科 技 有 限 公 司 Neotrident Technology Limited 华南师范大学 在Pro