生物信息学PPT(演讲)教学讲义.ppt

ANTHEPROT 5.0蛋白分析软件的使用;;;;二．工具栏与基本功能 当序列格式识别后，Methods菜单便被激活，相应的快捷按键也出现在工具栏中。如果序列格式未能识别则不会出现下图中新的工具按钮。;打开文件按键 存储文件按键 打印按键 更改字体与格式按键 更改设定颜色按键 进行蛋白序列二级结构预测 在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列 绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线 ;;;2.查找Site/signature 在ANTHEPROT主窗口单击 按键或选取菜单命令Methods / Site detection (Prosite)，便进行位点与特征序列的查找。程序查找给定序列是否存在PROSITE数据库中已定义的特征序列，缺省设置为100%匹配，也可设定为Mismatch 1 or 2（一到两个不匹配）或者Similarity level（类似水平）。;;3.预测物理化学特性曲线 Antheprot可以以图示的方法，显示出预测的蛋白质的物理化学特性曲线，下图为一个亲水性特性曲线的例子。在图中，一个可移动的光标，显示了目前在序列中的位置为115，此位置的氨基酸残基（L）显示为红色，同时显示前5个与后五个残基（为AIIHVLHSRHP），特性值（-7）与参数（5）也显示在图中。;;4.二级结构预测 Antheprot提供了五种方法进行蛋白质二级结构预测： GORI方法 Gibrat方法 Double Prediction Method – DPM方法 Homologue方法 Predator方法 或全部使用以上几种方法;;;Double Prediction Method – DPM方法;;;;5.计算蛋白序列分子量，比容与各蛋白残基百分组成 程序可以非常方便地对蛋白序列进行分子量，比容与各蛋白残基百分组成的计算。单击 按键或选取Methods/AA Composition,specific volume,M. Weight便进行计算。快捷键为Ctrl+M。 ;;6.计算蛋白序列滴定曲线与等电点 ANTHEPROT 5.0还可根据一定算法，对输入的蛋白序列计算其滴定曲线与等电点。 单击 按键或选取Methods/Titration curve便可进行计算，快捷键为Ctrl+U。输出图形如上图a。 ;;7.选定一个片段后，绘制Helical Wheel图 ANTHEPROT 5.0还可先选定一个蛋白片段，绘制其Helical Wheel图。单击 按键或选取Methods/ Helical Wheel便可进行计算与绘制。在二级结构预测输出窗口，用鼠标左键定义起始点，用鼠标右键定义结束点，选择菜单命令Helical Wheel，也可很方便的绘制此定义片段的Helical Wheel图;;;;;