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生物信息学PPT(演讲)教学讲义.ppt
ANTHEPROT 5.0蛋白分析软件的使用;;;;二.工具栏与基本功能
当序列格式识别后,Methods菜单便被激活,相应的快捷按键也出现在工具栏中。如果序列格式未能识别则不会出现下图中新的工具按钮。;打开文件按键
存储文件按键
打印按键
更改字体与格式按键
更改设定颜色按键
进行蛋白序列二级结构预测
在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列
绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线
;;;2.查找Site/signature
在ANTHEPROT主窗口单击 按键或选取菜单命令Methods / Site detection (Prosite),便进行位点与特征序列的查找。程序查找给定序列是否存在PROSITE数据库中已定义的特征序列,缺省设置为100%匹配,也可设定为Mismatch 1 or 2(一到两个不匹配)或者Similarity level(类似水平)。;;3.预测物理化学特性曲线
Antheprot可以以图示的方法,显示出预测的蛋白质的物理化学特性曲线,下图为一个亲水性特性曲线的例子。在图中,一个可移动的光标,显示了目前在序列中的位置为115,此位置的氨基酸残基(L)显示为红色,同时显示前5个与后五个残基(为AIIHVLHSRHP),特性值(-7)与参数(5)也显示在图中。;;4.二级结构预测
Antheprot提供了五种方法进行蛋白质二级结构预测:
GORI方法
Gibrat方法
Double Prediction Method – DPM方法
Homologue方法
Predator方法
或全部使用以上几种方法;;;Double Prediction Method – DPM方法;;;;5.计算蛋白序列分子量,比容与各蛋白残基百分组成
程序可以非常方便地对蛋白序列进行分子量,比容与各蛋白残基百分组成的计算。单击 按键或选取Methods/AA Composition,specific volume,M.
Weight便进行计算。快捷键为Ctrl+M。
;;6.计算蛋白序列滴定曲线与等电点
ANTHEPROT 5.0还可根据一定算法,对输入的蛋白序列计算其滴定曲线与等电点。
单击 按键或选取Methods/Titration curve便可进行计算,快捷键为Ctrl+U。输出图形如上图a。
;;7.选定一个片段后,绘制Helical Wheel图
ANTHEPROT 5.0还可先选定一个蛋白片段,绘制其Helical Wheel图。单击 按键或选取Methods/ Helical Wheel便可进行计算与绘制。在二级结构预测输出窗口,用鼠标左键定义起始点,用鼠标右键定义结束点,选择菜单命令Helical Wheel,也可很方便的绘制此定义片段的Helical Wheel图;;;;;
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