5.蛋白质分子构象.ppt

（4）?螺旋结构的极性： 在?螺旋N端附近存在的带负电的酸性残基（如天冬氨酸）和C端附近存在的带正电的碱性残基（如赖氨酸或精氨酸），由于它们分别与螺旋两端的相反电荷的相互作用，对?螺旋的稳定起到重要的作用，这犹如在?螺旋的两端安装了“保护栓”。N端被磷酸化同样可以稳定?螺旋。 如：鱼血液中的抗冻肽，N端为天冬氨酸，C端为精氨酸 两亲螺旋 亚基一般只是一条多肽链，但有的亚基由二条或多条肽链组成，这些多肽链之间以—S—S—相连。 四级结构有时还指相同的或不同的球蛋白分子所构成的聚合体。 对称的寡聚蛋白质可视为两个或多个不对称的相同结构成分组成，这种相同结构成分称为原体（protomer）。在同多聚体中原体是亚基，但在杂聚体中原体是两种或多种不同的亚基组成。 在反平行β-折叠筒结构中，相邻两股β-折叠股不直接相连，而是越过圆筒的顶部或底部，一股与另一股相连。 伴刀豆球蛋白A Cu-Zn-超氧化物 歧化酶亚基 Cu Zn 含有反平行β-折叠筒的球蛋白 五、膜蛋白的特殊构象 膜蛋白 内嵌蛋白 外围蛋白 蛙视紫质构象 人血型糖蛋白的一级结构 血型糖蛋白的蛋白质部分是 一条含131个氨基酸残基的 肽段，它卷曲成一个α-螺旋， 正好等于跨膜的长度。N-末端 是长的亲水序列，C-末端是较 短的亲水序列。 细菌视紫红质的一级结构 视黄醛与多肽链的连接 细菌视紫红质分子构象 根据0.7nm分辨率 的电子密度图， 由计算机产生的 构象模型 根据冷冻电镜术建立的三维模型 膜蛋白的构象与存在于水环境中的球蛋白 相比，有很大区别： 内在蛋白分子总是尽量把大多数疏水侧链暴露在分子表面，将大多数亲水侧链安排在分子内部。 第七节 四级结构 一、引言 亚基：是球蛋白分子中的最小共价单位。 寡聚蛋白 由少数亚基聚合而成的蛋白质。 多聚蛋白 由多个亚基聚合而成的蛋白质。 四级 结构 狭义 广义 指寡聚蛋白中亚基的种类、数目、空间排布及亚基之间的相互作用。 包括由相同或不同球蛋白分子所构成的聚合体。 均一四级结构 非均一四级结构 （由相同亚基构成） （由不同亚基构成） 球蛋白聚合成四级结构有下列优越性： 1.四级结构具有更加复杂的蛋白质结构，以便执行更为复杂的功能。 2.四级结构可以通过相同或不同亚基之间的协同作用，以实现对酶活性的调节。 3.四级结构可以把中间代谢途径的各种酶分子集合在一起，以提高催化效率，避免中间产物的浪费。 4.四级结构可以具有一定得几何形状。 典型的微管结构 5.球蛋白聚合成四级结构可以适当降低溶液的渗透压。 单体的含义： 1.指寡聚蛋白分子的亚基； 2.指蛋白质分子聚合体中的重复 单位，此时，蛋白质分子本身就 是单体。 3.指没有四级结构的蛋白质分子。 四、结构域分类 根据结构域中二级结构的种类、数量及排布，结构域 分成5种类型： （一）α-螺旋域 结构域中所含的结构单元 主要是α-螺旋。 噬菌体T4 全a-螺旋结构域 胎儿血红蛋白 (二）β-折叠域 结构域主要由反平行β-折叠构成。 免疫球蛋白VL的结构域 （三）α+β域 乳酸脱氢酶 由α-螺旋和β-折叠股不规则 堆积而成。 人免疫球蛋白可变区 神经酰胺酶结构域 （四）α/β域 结构域的中央主要是β-折叠片，周围是α-螺旋， α-螺 旋与β-折叠股交替排布。 丙酮酸激酶结构域 磷酸甘油酸激酶 结构域2 乳酸脱氢酶 结构域1 (五)无α-螺旋和β-折叠域 结构域不具有或具有少量的α-螺旋和β-折叠。 高氧还势铁蛋白 胰岛素 铁氧还蛋白 （六）富含金属或二硫键结构域 许多小于100氨基酸残基的结构域往往不规则，只有少量的二级结构，但富含金属或二硫键。金属形成的配体或二硫键对蛋白质构象起稳定作用。 二节荠蛋白 核糖核酸酶S 第六节 三级结构 一、三级结构的概念 狭义：多肽链通过盘绕、折叠，形成紧密的借各种次级键维持的球状构象。 广义：蛋白质分子或亚基内所有原子的空间排布。 二、几种球蛋白分子的构象 （一）肌红蛋白分子构象 肌红蛋白的分子量17000，具有一个血红素辅基和含153个氨基酸残基的多肽链。 用X射线晶体结构分析法，研究抹香鲸肌红蛋白分子构象，分为三个研究阶段： 第一阶段，在0.6nm分辨率的水平上，看到了肌红蛋白 分子中多肽链主链骨架的走向及血红素的位置。 0.6nm分辨率的分子构象 多肽链主链的走向 第二阶段，在0.2nm分辨率的水平上，看到了肌红蛋白分子的二级结构。 0.2nm分辨率的分子构象 在多肽链中，75～80%是α- 螺旋，其余是无规卷曲，整个 多肽链有8个长短不一的螺旋 段。 无规卷曲 血红素结构 血红素Fe2+的配位体 O2 第三阶段，在0.14nm分辨率水平上，可看到肌红蛋白 分子中除氢原子以外的全部原子的位置。 （二）溶菌酶分子构象